辣椒炭疽病主要危害接近成熟的果實和葉片。果實染病後，最先出現濕潤狀、褐色橢圓形或不規則形狀的病斑，患病部分會稍顯凹陷，斑面出現明顯環紋狀的橙紅色小粒點，後轉變為黑色小點，此為病菌的分生孢子盤。天氣潮濕時溢出淡粉紅色的粒狀粘稠狀物，此為病菌的分生孢子團。天氣乾燥時，病部幹縮變薄成紙狀且易破裂。葉片染病後，受害初期，病斑為點狀淡綠色，後擴大為褐色接近圓形，周圍呈黃綠色病斑直徑約1毫米。後期病斑中間常破裂病葉早落。在雨後或濕潤時，病斑上常產生粉紅色分生孢子堆或黑色小點。
辣椒葉片染病多發生在老熟葉片上，產生近圓形的褐色病斑，亦產生輪狀排列的黑色小粒點，嚴重時可引致落葉。莖和果梗染病，出現不規則短條形凹陷的褐色病斑，乾燥時表皮易破裂。
