辣（甜）椒炭疽病是因半知菌亞門、刺盤孢屬真菌侵染所致。病菌以分生孢子附於種子表面或以菌絲潛伏在種子內越冬，播種帶菌種子便能引起幼苗發病；病菌還能以菌絲或分生孢子盤隨病殘體在土壤中越冬，成為下一季發病的初侵染菌源。越冬後長出的分生孢子通過風雨濺散、昆蟲或淋水而傳播。
病菌以擬菌核隨病株殘餘組織遺留在田間越冬，也能以分生孢子和菌絲體附着在種子上越冬。田間病株殘餘組織內的擬菌核，在環境條件適宜時產生的分生孢子，通過雨水反濺或氣流傳播至寄主植物上，從寄主傷口侵入，引起初次侵染。侵入後經潛育出現病斑，並在受害部位產生新生代分生孢子，借風雨或昆蟲等媒介傳播，進行多次再侵染，加重危害。
