發病初期摘除病葉病果，而後噴藥，應掌握在雨前雨後噴藥，並可採取灌根與噴霧相結合。可噴75%百菌清可濕性粉劑600倍液，或50%施保功可濕性粉劑1500-2500倍液。
從無病果留種，減少初侵染菌源。若種子有帶菌可疑，可用50%多菌靈可濕性粉劑500倍液浸種1小時，沖洗乾淨後催芽播種。清除病殘體，收後播前翻曬土壤；施足優質有機基肥；高畦深溝種植便於澆灌和排水降低畦面濕度；適當增施磷鉀肥；田間發現病果隨即摘除帶出田外銷燬。種植抗病品種：開發利用抗病資源，培育抗病高產的新品種。一般辣味強的品種較抗病，可因地制宜選用。
可用55℃温水浸種10min，進行種子處理。或用涼水預浸1～2小時，然後用55℃温水浸10分鐘，再放入冷水中冷卻後催芽播種。也可先將種子在冷水中浸10～12小時，再用1%硫酸銅浸種5分鐘，或用50%多菌靈可濕性粉劑500倍液浸1小時，撈出後用草木灰或少量石灰中和酸性，再進行播種。
加強通風排濕:辣椒炭疽病是一種高温高濕型病害,高温高濕是造成該病發生的主要環境條件,在管理上,要定期通風換氣,降低棚內濕度,創造不利於病害發生的環境條件。
消毒育種：用4%農抗120瓜菜煙草專用型100倍液浸種12小時，撈出涼半乾後直接播種。也可先用涼水預浸1-2小時，然後用55℃温水浸10分鐘或用50℃温水浸種30分鐘，取出後用清水沖洗，冷卻後催芽播種。也可用冷水浸種10-12小時後，再用1%硫酸銅溶液浸種5分鐘，取出後加上適量消石灰或草木灰拌種，立即播種。或用50%多菌靈可濕性粉劑500倍液浸種1小時，清水沖洗，催芽播種。
辣椒炭疽病在發病初期，可用70%代森錳鋅可濕粉171～240克/畝，或325克/升苯甲.嘧菌酯懸浮劑20～50毫升/畝，等藥劑噴霧防治，隔7～14天再次防治。具體應按農藥標籤要求使用。
農業防治方案防治辣椒炭疽病，應實行綜合防治措施。播前翻曬土壤，減少初浸染源；選用無病種子，用50℃的熱水浸種20分鐘；合理密植，使辣椒封行後行間不鬱蔽，果實不暴露；適當增施磷鉀肥；防止田間積水；及時採果；發現病果立即摘除帶出田外銷燬；重病田與瓜類和豆類蔬菜輪作2～3年。發病初期，用50%多菌靈可濕性粉劑或70%代森錳鋅可濕性粉劑500倍液噴霧防治。保護地栽培可以每畝用45%百菌清煙劑250克燻蒸防治。
清潔田園:果實採收後，清除田間遺留的病果及病殘體，集中燒燬或深埋，並進行一次深耕，將表層帶菌土壤翻至深層，促使病菌死亡。可減少初侵染源、控制病害的流行。
選用抗病品種：由於辣椒疫病的傳播途徑多，病原菌的卵孢子在土壤中能長期存活，所以在適宜的温濕度情況下，很容易造成辣椒疫病的爆發流行，使辣椒在短期內大面積枯死。對辣椒疫病的防治措施中重要的一項工作就是選用和培育抗病品種。
要加強田間管理，避免高温高濕，注意排水，及時清除病葉、病果及殘體，追肥適當增加磷鉀肥的使用，結合澆水每畝可隨水衝施普利登魚蛋白及平衡型氮磷鉀水溶肥。
