食用菌由於營養價值豐富，生產投入少，經濟效益高。近幾年在農村興起了食用菌生產熱潮，生產中食用菌菌絲繁殖快，容易老化。農村條件有限，菌種保藏更難。下面介紹七種簡單易行的菌種保藏方法供廣大農產參考：
一、蒸餾水法適用於平菇、金針菇、香菇的苗種。
1.保藏平菇、金針菇菌種先將八成熟待保藏試管菌種移入接種箱內滅菌後，用注射器從試管栓內注入蒸餾水，將培養基面全部淹沒至管口2釐米為止。管口用礦蠟封閉，常温下置於陰涼處立放可以保藏1～1.5年。
2.保藏香菇、木耳菌種，用150毫米×15毫米的指型管將培養至七分熟的固體或半固體試管種在接種箱內無菌操作下，放入25毫米×200毫米的大試管內，向大試管內注入蒸餾水至管口1釐米處，封口用橡皮栓包好，並用礦蠟加固密封，置於陰涼處。木耳可保藏7～8個月，香菇可保藏9～12個月。
此法在自然温度下也可以保藏其他菌種。
二、尿素暫存法在避光、乾燥通風良好的地方放置袋裝尿素，將試管菌種主體埋在尿素顆粒中，試管口露在外面，可保藏菌種活力30天之多。此法在恆定低温環境下即可進行。
三、液體石蠟保藏法選用化學液體石蠟，高壓滅菌後放入40℃恆温箱中數小時或乾燥器中數日，用無菌吸管或注射器吸取液體石蠟注入菌種試管。注入量應高出斜面尖端1釐米左右，管口塞上棉塞並用石蠟封好。直立保藏在清潔、乾燥、涼爽的低温處可以保藏5年。
四、麩皮保藏法取一定麩皮加水或營養液後拌勻即可備用。將水麩皮裝入試管經高壓滅菌後拌入菌種，放在適温下培養，待菌絲體發育好後將試管放入室温下進行乾燥。然後在20℃以下乾燥處保藏，可保藏3～5年。
五、生理鹽水保藏法將菌種接入馬鈴薯培養液中，每250ml三角瓶裝60ml培養液，振動培養液或每天搖動5～10次，培養5～7天，然後將形成的菌絲球吸入裝有5ml無菌生理鹽水的試管中，每管約移入4～5個菌絲球，塞上棉塞，用蠟封好管口。低温可保藏1年。
六、麥粒保藏法取優質小麥淘洗後浸入20攝氏度水中泡5小時，稍晾乾後裝管。裝入量以管長的1/4到1/3為宜。將裝有麥粒的試管滅菌後趁熱搖散，冷卻後接入菌絲體，在適温下培養至大多數麥粒上出現稀疏菌絲時，終止培養。菌種可置於25攝氏度以下乾燥處保藏1～2年。
七、冰箱保藏法將已經長好的試管菌種放於冰箱內。置於保鮮層能保存7個月。菌種不退化。
以上方法對於試管菌種均適用。
