1.低温定期移植貯藏法:將需要貯藏的菌種接種在適宜的斜面培養基上，適温培養，當菌絲健壯地長滿斜面時取出，放在3℃-5℃低温乾燥處或4℃冰箱、冰櫃中貯藏，每隔4-6個月時間移植轉管一次，具體應根據菌種特性決定。貯藏時要注意環境温度不能太高，以防黴菌通過棉塞進入管內。因此，若用棉塞，可用乾淨的硫酸紙或牛皮紙包紮棉塞，即可減少污染的機會，也可防止培養基幹燥。除草菇菌種外，其他食用菌菌種都能採用此法貯藏。
2.液體石蠟貯藏法:取化學純液體石蠟(要求不含水分、不黴變)裝於三角瓶中加棉塞幷包紙，在1公斤/平方釐米壓力下滅菌1小時，再放入40℃恆温箱中數天，以蒸發其中水分，至石蠟油完全透明為止。將處理好的石蠟油移接在空白斜面上，在28℃-30℃温度下培養2-3天，確定無雜菌生長方可使用。然後用無菌操作的方法把液體石蠟注入待貯藏的斜面試管中。注入量以高出培養基斜面1-1.5釐米為宜，塞上橡皮塞，用固體石蠟封口，直立於低温乾燥處貯藏。貯藏時間在1年以上，在低温下，保藏時間還可延長。
3.沙土管貯藏法:取河沙用水浸泡洗滌數次，過60目篩除去粗粒，再用10%鹽酸浸泡2-4小時，除去其中有機物質，再用水沖洗至pH值達到中性，烘乾備用。同時取貧脊土或菜園土用水浸泡，使其呈中性，沉澱後除去上清液，烘乾碾細，用100目篩子過篩，將處理好的沙與土以(2-4)：1比例混勻，用磁鐵吸出其中的鐵質，然後分裝小試管或安瓿內，每管裝量0.5-2克，塞棉塞，用紙包紮滅菌(1.5公斤/平方釐米，1小時)，再幹熱滅菌(160℃，2-3小時)1-2次，進行無菌檢驗，合格後使用。將已形成孢子的斜面菌種，在無菌條件下注入無菌水3-5毫升，刮菌薹，製成菌懸液，再用無菌吸管吸取菌液滴入沙土管中，以浸透沙土為止。將接種後的沙土管放入盛有乾燥劑的真空乾燥器內，接上真空泵抽氣數小時，至沙土乾燥為止。真空乾燥操作需在孢子接入後48小時內完成，以免孢子發芽。製備好的沙土管用石蠟封口，在低温下可保藏2-10年。
4.濾紙片貯藏法:取白色(收集深色孢子)或黑色(收集白色孢子)濾紙，剪成4釐米×0.8釐米的小紙條，平鋪在培養皿中用紙包裹進行滅菌(1公斤/平方釐米，30分鐘)。採用鈎懸法收集孢子，讓孢子落在濾紙條上。將載有孢子的濾紙條放入貯藏試管中，再將貯藏試管放入乾燥器中1-2天，除去濾紙水分，使濾紙水分含量達2%左右，然後低温貯藏。
5.自然基質貯藏法:①麥粒貯藏法。取無癟粒、無雜質的小麥淘洗乾淨，浸泡12-15小時，加水煮沸15分鐘，繼續熱浸15分鐘，使麥粒脹而不破，瀝乾水分攤開晾曬，使麥粒的含水量在25%左右。將碳酸鈣、石膏拌入熟麥粒中(麥粒、碳酸鈣、石膏比例為10公斤：133克：33克)，拌和均勻後裝入試管中，每管2-3克，然後清洗試管，塞棉塞，滅菌(1.5公斤/平方釐米，2小時)，經無菌檢查合格後備用，試管基質冷卻後接種，適温培養，待菌絲長滿基質後用石蠟塗封棉塞，放低温貯藏。2年左右轉接一次。②麩曲保藏法。取新鮮麩皮，過60目篩除去粗粒。將麩皮和自來水按1：1拌勻，裝入小試管，每管約裝1/3高度，加棉塞用紙包紮，高壓滅菌(1.5公斤/平方釐米，30分鐘)，經無菌檢查合格後備用，將生長在斜面培養基上的健壯菌種，移種至無菌麩曲管中，移種時注意儘量搗勻小試管中的麩皮，使其呈疏鬆狀態，在適温下培養至菌絲長滿麩皮為止，將麩曲小管置乾燥器中，在低温或適温下貯藏。
6.生理鹽水貯藏法:取純氯化鈉0.7-0.9克，放入100%毫升蒸餾水中，攪拌均勻分裝試管，每管5-10毫升，進行滅菌(1公斤/平方釐米，30分鐘)，經無菌檢查合格後備用，將待保藏的菌種接入馬鈴薯葡萄糖液體培養基中，適温振盪培養5-7天。無菌操作吸取少許培養菌種，注入經檢驗合格的生理鹽水試管中，塞上無菌橡皮塞，用石蠟塗封，在室温或低温貯藏。
7.冷凍真空乾燥法:將已培養、生長豐富的菌體或孢子懸浮於滅菌的血清、卵白、脱脂奶製成的菌懸液上，將懸液以無菌操作分裝於滅菌的玻璃安瓿中，每管0.3-0.5毫升，然後用耐壓橡皮管與冷凍乾燥裝置連接，安瓿放在冷凍槽中於-30℃～-40℃迅速冷凍，然後在冷凍狀態下抽空乾燥，並在真空狀態下熔封安瓿，在-20℃低温下保存，一般可保存10年以上，但成本較高。
8.液氮超低温保藏法:首先將要保藏的菌種製成菌懸液備用，其次準備安瓿瓶，每瓶加入0.8毫升冷凍保護劑10%(體積比)甘油蒸餾水溶液，塞棉塞滅菌(1公斤/平方釐米，5分鐘)。無菌檢查後，接入要貯藏的菌種，火焰熔封瓶口，檢查是否漏氣，將封好口的安瓿瓶放在凍結器內，以每分鐘下降1℃的速度緩慢降温，使保藏品逐步均勻地凍結，直至-35℃，以後凍結速度就不需控制，安瓿凍結後立即放入液氮罐內，在-150℃～-196℃低温下保藏，該法只有少數科研院所使用。
