棉籽從軋出到播種約須經過5～6個月的時間。在此期間，如果温濕度控制不適當，就會引起棉胚內部遊離脂肪酸增多，呼吸旺盛，微生物大量繁殖，以致發熱黴變，喪失生活力。軋花時要減少破損粒提高健籽率，以保證種子質量。除此之外，應掌握以下技術環節。
合理堆放
棉籽可採用包裝和散裝。散裝雖對倉壁壓力很小，但也不宜堆得過高。一般只可裝滿倉庫容量的一半左右，最多不能超過70％，以便通風換氣。堆裝時必須壓緊，可採用邊裝邊踏的方法把棉籽壓實，以免潮氣進入堆內使短絨吸濕回潮。華中及華南地區的棉籽，堆放不宜壓實。棉籽入庫最好在冬季低温階段冷籽入庫，可延長低温時間。但是當堆內温度較高時，則應倒倉或低堆再插入用竹篾編成的通氣簍，以利通風散熱。
嚴格控制水分和温度
我國地域廣大，貯藏方式應因地制宜。華北地區冬春季温度較低，棉籽水分在12％以下，已適宜較長時間保管，貯藏方式可以用露天圍囤散裝堆藏；冬季氣温過低，須在外圍加一層保護套，以防四周及表面棉籽受凍。水分在12％～13％以上的棉籽要注意經常性的測温工作，以防發熱變質。如水分超過13％以上，則必須重行晾曬，使水分降低後，才能入庫。棉籽要降低水分，不宜採用人工加温機械烘乾法，以免引起棉纖維燃燒。
華中、華南地區，温濕度較高，必須有相應的倉庫設備，採用散裝堆藏法。安全水分要求達到11％以下，堆放時不宜壓實，倉內須有通風降温設備，在貯藏期間，保持種温不超過15℃。長期貯藏的棉籽水分必須控制在10％以下。
檢查管理
1、温度檢查在9～10月份應每天檢查1次。入冬以後，水分在11％以下，每隔5～10d檢查1次，12％以下則應每天檢查。方法可採用每隔3m插竹管一根，管粗約為2cm，一端製成圓錐形以利插入堆內。竹管分上、中、下層，各置温度計一支，定時定點進行觀測。
2、殺蟲棉籽入庫前如果發現有蟲，可在軋花後進行高温曝曬，或將60℃左右的熱空氣通過種子5min，再裝袋悶2h，可將棉紅鈴蟲殺死。也可在倉內沿壁四周堆高線以下設置凹槽，在槽內投放殺蟲藥劑，當越冬幼蟲爬入槽內時便可將其殺死。
3、防火棉籽有短絨，本身含油量又高，遇到火種容易引起燃燒，而且在開始燃燒時往往不易察覺，一旦被發覺時已釀成火災，應予充分重視。在管理上要嚴禁火種接近棉籽倉庫，倉庫周圍不能堆放易燃物品。工作人員不能帶打火機、火柴等物入庫，更不能在庫內吸煙。在庫內甚至不能發生鐵器碰撞現象，以免產生火花引起火災。
脱絨棉籽的保管
脱絨棉籽是指經過脱絨機械或硫酸處理過的種子。這些棉籽因經過處理，其外殼雖然未破碎，但種皮一般都受到機械磨損或腐蝕，透水性增加，比較容易受外界温、濕度的影響，不耐貯藏。在貯藏過程中容易引起發熱現象。所以，對脱絨棉籽應加強管理多檢查，在堆法上應採用包裝通風垛或圍囤低堆等通風形式更為有利。
