使用優良的菌種栽培食用菌是奪取耳菇優質、高產、高效的重要保證。如何鑑別優質食用菌是廣大菇農亟待解決的問題。
菌種質量的優劣主要包括三個方面，一是鑑定所用菌株是不是所要栽培的菌株，如廠家不能確認，必須進行栽培實驗；二是鑑別菌株性狀的優劣，需要進行定性定量分析，最可靠的還是進行小面積栽培，測試產量高低、品質優劣及抗逆性狀；三是鑑別菌種長勢長相是否優良。前兩個問題主要靠科研單位和廠家介紹，第三個問題需要廣大菇農在購種時識別，以免造成損失。但當前還沒有儀器進行測試，必須靠自己挑選。筆者根據30多年的實際經驗，將識別菌種優劣的方法簡介於下：
一、鑑別菌種的方法
長相係指菌種的外觀形態。菌絲和整個菌絲體是否豐滿、濃密，如菌絲乾癟、稀疏、散亂，説明品種不良或菌齡過長；菌體幹縮，説明菌種老化。若菌種表面出現一層厚菌膜即老皮，色黃，瓶底出現大量黃化；菌體幹縮，大量出現子實體原基，説明菌種已老化，不可使用。
長勢菌絲生長健壯有力，整齊、均勻，上下一致，説明菌種生長良好。反之，説明菌種活力差，品種有退化或培養環境條件不適宜，不宜使用。
顏色生長正常的菌種菌絲體顏色純正、鮮亮，均為白色。如有雜菌污染，會出現其它顏色的菌落，如出現綠色則説明有青黴、木黴污染；出現桔紅色説明有鏈孢黴；如果出現黃色，很可能出現黃麴黴，若有黑色出現，説明有毛黴、根黴和黑麴黴污染。同一瓶菌種，上下顏色應一致，若上部出現灰暗色也不能使用。
氣味正常的菌種，打開瓶蓋可聞到濃郁的耳菇香味，若氣味清淡或無香味，不宜使用，若聞有臭味、酸味或其他氣味，則更不能使用。
鏡檢用生物顯微鏡觀察菌絲的形態、粗細、顏色、有無分支、鎖狀聯合、突起、隔膜，與該菌種的鏡檢標準相對照鑑別。
