食用菌產後廢棄物含有豐富的蛋白質、多糖、維生素和多種植物營養源，科學處理將成為二次種菇的很好原料或生物有機肥或飼料。但是，食用菌生長的過程中也有多種其他生物的侵染，隨着食用菌生長週期的延長，這些有害生物種羣在基質中不斷增加。特別是當栽培結束時，菌體的抗性大幅下降，這些有害生物的繁殖更為迅速，產後廢料如果不及時妥善處理，將會為以後的生產帶來極大的隱患，輕則造成環境污染，影響以後種菇的產量和質量，重則導致病蟲害大量蔓延與為害，造成嚴重減產甚至絕收。
很多食用菌產後廢料都可以再利用，進行二次種菇，這樣可以有效地降低原料成本，獲得更好的經濟效益。如草菇、平菇、香菇、木耳、雙孢蘑菇等廢料，只要菌絲生長較好，培養料未被雜菌污染，可曬乾粉碎後添加30％到新料中種雞腿菇。風乾粉碎可成為菌糠，10％～20％加入到飼料中，餵食牛、羊等反芻動物。
將那些菌絲生長潔白、未被污染的草本廢料曬乾後粉碎，添加10％到飼料中，是豬、雞、鴨、鵝等畜禽的優質飼料，可降低養殖成本，提高效益。
種菇後的各種原料是一種優質的有機菌肥。在我國部分地區已經建成菌糠生物有機肥廠，以食用菌菌糠為原料生產有機菌肥。農户也可利用菌糠自行發酵製作菌肥，即將菌棒粉碎後加水堆積發酵，冬季發酵60～90天，夏季發酵30天，如與禽畜糞便混合發酵則效果更佳。對果園施用食用菌菌糠發酵肥料，可起到改良果園土壤、提高水果品質、增產增收的效果。而且肥效持久，經濟實惠。也可用作棉花花蕾肥，甘薯、洋芋的基肥，能顯著提高產量。在花卉種植中，把種菇後的廢料與肥土混合後堆積自然發酵，用來作為花卉苗圃、盆栽的基肥，對花卉的土壤結構、通氣性、保水持水能力等均有改善。
此外，出菇後的菌棒還可作為菇棚的加温燃料以及滅菌燃料。
