5、自然基質保藏法
(1)麥粒保藏法：取無癟粒、無雜質的小麥淘洗乾淨，浸泡12—15小時，加水煮沸15分鐘，繼續熱浸15分鐘，使麥粒脹而不破，瀝乾水分攤開晾曬，使麥料的含水量在25%左右。將碳酸鈣、石膏拌入熟麥粒中(麥粒、碳酸鈣、石膏比例為10公斤：133克：33克)，拌和均勻後裝入試管中，每管約2—3克，然後清洗試管，塞棉塞，滅菌1.5(1.5公斤/平方釐米，2小時)，經無菌檢查合格後備用，試管基質冷卻後接種，適温培養，持菌比長滿基質後用石蠟塗封棉塞，放低温保藏。2年左右轉接一次。
(2)麩曲保藏法。取新鮮麩皮，過60目篩除去粗粒。將麩皮和自來水按1：1拌勻，裝入小試管，每管約裝1/3高度，加棉塞用紙包紮，高壓滅菌(1.5公斤/平方釐米，30分鐘)，經無菌檢查合格後備用，將生長在斜面培養基上的健壯菌種，移種至無菌麩曲管中，移川時注意儘管搗勻小試管中的麩皮，呈疏鬆狀態，在適温下培養至菌絲長滿麩皮為止，將麩曲小管置乾燥器中，在低温或適温下保藏。
6、生理鹽水保藏法。取純氯化鈉0.7—0.9克，放入100%毫升蒸餾水中，攪拌均勻分裝試管，每管5—10毫升，進行滅菌(1公斤/平方釐米，30分鐘)，經無菌檢查合格後備用，將待保藏的菌種接入馬鈴薯葡萄糖液體培養中適温振盪培養5—7天。無菌操作吸取少許培養菌種注入經檢驗合格的生理鹽水試管中，塞上無菌橡皮塞，用石蠟塗封，在室温或低温保藏。
7、冷凍真空乾燥法。將已培養、生長豐富的菌體或孢子懸浮於滅菌的血清、卵白、脱脂奶製成菌懸液，將懸液以無菌操作分裝於滅菌的玻璃安瓿瓶中，每管約0.3—0.5毫升，然後用耐壓像皮管與冷凍乾燥裝置連接，安瓿瓶放在冷凍槽中於-30℃至-40℃迅速冷凍，並在冷凍狀態下抽空乾燥，並在真空狀態下溶封安瓿，在-20℃保存，一般可保存十年以上，但成本較高。
8、液氮超低温保藏法。首先將要保藏的菌種製成菌懸液備用；其次，準備安瓿瓶，每瓶加入0.8毫升冷凍保護劑10%(體積比)甘油蒸鎦水溶液，塞棉塞滅菌(1公斤/平方釐米，5分鐘)。無菌檢查後，接入要保藏的菌種，火焰溶封瓶口，檢查是否漏氣，將封好口的安瓿瓶放在凍結器內，以每分鐘下降1℃的速度緩慢降温，使保藏品逐步均勻地凍結，直至-35℃，以後凍潔速度就不需控制，安瓿凍結後立即放入液氮罐內，在-150至-196℃保藏，該法只有少數科研院所使用。
