食用菌菌種的衰退是一種常見的現象，採用合適的貯藏方法、儘量減少菌種的傳代次數，是防止菌種衰退的有效措施之一。菌種貯藏原理是使其新陳代謝作用降低，貯藏的方法很多，現主要介紹兩種，供菇農參考。
一是斜面低温貯藏法這是一種最簡單的貯藏法，即將生長旺盛無污染的斜面試管放入冰箱內，在4-6℃的低温下貯藏，以後每隔2-3個月移接於新鮮的斜面培養基上，培養後再繼續貯藏。
二是液體石蠟貯藏法此法是在要貯藏的斜面試管內，在無菌室內注射滅過菌的液體石蠟，注入蠟以高出斜面1釐米為宜。其目的是使菌種與空氣隔絕，降低其新陳代謝活動。然後塞以木塞或橡膠塞，用蠟封口後，直立放入室內乾燥處，一直可保存一年以上。使用時只要用接種針從斜面上少量挑取菌絲，移植在新鮮的斜面培養基上，由於菌絲沾有石蠟，必須再轉接一次試管才能很好生長。
