乾貨保存：燕窩本身乾燥的可採取密封保鮮方法，徹底晾乾後密封保存即可。
濃縮保存：將未開封的燕窩放在冷藏室保存，含水量高的燕窩則要先吹乾後才能存放。
濕貨保存：這種方法主要用於正在食用時，將浸發好的燕窩放在乾淨的密封、防水、防油的器皿中冷藏保存即可。
一、乾貨保存
只要是燕窩本身乾燥，通常可採取密封保鮮方法，最為省事。因此，在徹底晾乾後（不可陽光直曬），密封保存，或者放在通風無潮的地方即可（如果可以加入一小包乾燥劑）。若發現黴菌，可以用牙刷清洗後再風乾。
二、濃縮保存
購買時，未開封的燕窩直接放在冷藏室。採取不開封，不動用，一經開封，就儘快吃完，同時保證燕窩的乾燥性。含水量高的燕窩要吹乾才能存放。剛買回來的燕窩直接放冰箱保鮮格，或者用風扇或抽濕機吹乾再儲存。
三、濕貨保存
燕窩已經浸發，用於正在食用時採取的方法。把浸發的燕窩放在乾淨的密封、防水、防油的器皿中，可保鮮或者冷藏7-15天。儘量做到使用多少，發多少。如果燕窩因處理不當而輕微發黴，不需要緊張，拿個牙刷在發黴的地方輕輕擦拭，吹乾再保存，如果發黴的地方變黑就不能再吃了。
