菌種拙劣
菌種的菌齡太短或太長，生長減弱，抗逆性差，在環境條件不適宜的情況下即萎縮。
温差過大
草菇的菌絲對温差較敏感。如白天氣温在32℃以上，夜間在28℃以下，噴重水後，即會發生菌絲萎縮。1、高温燒菌：當培養料內的温度長時間超過45℃時，就會使菌絲萎縮死亡。
氨氣危害
培養料內尿素添加過量，或田內化肥含量高，揮發出來的氨氣分發不了，即對草菇菌絲造成損害。
發生害蟲
培養料中發生害蟲，因為害蟲的咬食危害，致使菌絲萎縮。
藥物影響
草菇對農藥十分敏感，播種後，菇農為了防病殺蟲噴灑了農藥，致使菌絲因藥害而萎縮。
缺氧窒息
培養料含水量過高(超過70%)，或塑料薄膜覆蓋過嚴，使草菇菌絲因缺氧窒息而萎縮。
