回答：魚菜共生系統在後期的時候比較難清理和維護，而且沒有可移動性，這樣會增加管理的難度。大規模的魚菜共生系統初始投資金額非常大，而在投入資金後短期內又不會馬上見到回報。魚菜共生系統要求操作者具備相關專業知識，需要對動植物學、生物學有一定的瞭解。魚菜共生系統開始自循環之後還有系統的不確定性的風險。
一、魚菜共生為什麼不推廣
1、魚菜共生系統在後期的時候比較難清理和維護，因為人們在自制魚菜共生系統的時候都有自己的想法和理念，從而導致這個系統被製作成各種各樣的，而且這個系統沒有可移動性，從而增加了管理難度。
2、大規模的魚菜共生系統初始投資金額巨大，這個不是普通的農民可以負擔的，而且在大規模的投入資金之後，並不會在短期內就立刻見到回報。
3、魚菜共生系統是一個閉環的生產系統，沒有害蟲和雜草，而且不使用肥料和農藥，這個系統運轉主要是依賴魚、微生物、蔬菜三者之間的關係。要想達到這個目標，就要求操作者要對動植物學和生物學有一定的瞭解，要具備相關專業知識。而這種高要求高於目前我國農民的基本素質的。
4、在魚菜共生系統開始自循環之後，還有一個非常大的風險就是系統的不確定性。因為整個系統是一個相互影響的整體，所以當其中有任何一個環節出現問題，都會導致整個系統的癱瘓崩潰。
二、魚菜共生是什麼原理
1、魚菜共生是一種新型的複合耕作體系，它把水產養殖與水耕栽培通過巧妙的生態設計，從而達到科學的協同共生，從而實現養魚不換水而沒有水質憂患，種菜不施肥而可以正常成長的生態共生效應。
2、在魚菜共生系統中，水產養殖的水會被輸送到水培栽培系統，通過細菌把水中的氨氮分解成亞硝酸鹽，然後被硝化細菌分解成硝酸鹽，硝酸鹽可以直接被植物作為營養吸收利用。魚菜共生系統讓動物、植物、微生物三者之間達到一種和諧的生態平衡關係。
3、魚菜共生系統不存在水污染，因此不需要經常大範圍的換水。而且系統本身是一個閉環的生產系統，系統中的水除了蒸發之外，也沒有別的耗損情況。
