利用害蟲習慣進行防治（1）對菌蚊可用人工捕捉；（2）將發生癭蚊的菌袋放在陽光下曝曬1—2小時或撒上石灰粉，可有效殺滅癭蚊。
誘殺：（1）蚊蛾可用黑光燈或節能燈誘殺，方法是在燈下的水盆中放入0。1％的敵敵畏，害蟲落入盆中即被殺死；（2）在強燈光處放置塗有40％聚丙烯的粘蟲板可誘殺粘蟲。
麴黴的防治：（1）及時消除廢料；（2）瓶裝料時料不能與棉塞相接觸，裝瓶完畢後洗淨瓶口，除去雜物，維持棉塞乾淨；（3）食用菌採收完後施用5ppm的多菌靈。
綠黴的防治：（1）下降菇房的温度和濕度，加大通風量，用草木灰覆壓有黴菌的地方，攔截黴菌孢子飛揚傳播；（2）取生石灰9份、多菌靈1份、水適量拌勻，塗刷黴菌處；（3）生料栽培時，每100公斤乾料中添加克黴靈100克，可徹底避免黴菌滋生；（4）在黴菌處撒上高錳酸鉀顆粒後，再在其外圍噴水；（5）用5％的石灰水浸泡黴菌，待黴菌消散後排掉石灰水，補上新料；（6）在黴菌處塗95％的酒精或煤油，點火將其燒掉，此後挖除，填補新料。
細菌的防治：（1）培養基滅菌要徹底，滅菌時温度、壓力、時間都要達到懇求；（2）培養基做好後，在30℃的培養箱內放置一天後再用，以確保無細菌感染培養基；（3）培養基內可加入抗生素，通常以每毫升100—200單位為宜。
