一、褐腐病
又稱白腐病、水泡病，主要危害草菇、蘑菇等的子實體。若覆土被污染，在覆土上噴50％多菌靈或70％甲基託布津500倍液，可殺滅病菌孢子。發病時立即停止噴水，加大菇房通風量，將室温降至15℃；病區噴灑50％多菌靈500倍液，也可噴1％～2％甲醛溶液滅菌。發病嚴重時，可去掉原有覆土，更換新土，將病菇燒燬，所用工具用4％甲醛溶液消毒。
二、綠黴菌
主要危害香菇、黑木耳、銀耳、蘑菇等。初染病時，可用pH值為10的石灰水擦淨料面。菌塊上出現綠黴時，要及時用多菌靈800倍液擦洗。
三、菇蠅
主要危害蘑菇。出菇前發生菇蠅時，可噴灑敵敵畏1000倍液，也可用0．1％魚藤精溶液，在菇牀無菇時噴灑2～3次；出菇以後，只能噴灑除蟲菊酯，或殺滅菊酯溶液（此法也適用於消滅菌蛆）。
四、菌蟎
又稱菌蝨，主要危害香菇、黑木耳等。蟲體很小，肉眼不易見到，多在料面或土粒上集中成團，呈咖啡色。發生時，可每平方米噴灑500毫升0．5％敵敵畏溶液防治。黑耳木上的菌蟎，可用20％可濕性殺蟎礬800倍液噴霧防治。
五、蛞蝓
又名水蜒蛐、鼻涕蟲，主要危害香菇、銀耳、平菇、黑木耳、蘑菇等。多為白天潛伏，夜晚出來咬食子實體，會影響食用菌產量。可在傍晚蛞蝓活動的地方噴灑夾蘇水，或在其爬行過的路線上灑高錳酸鉀溶液。也可在蛞蝓活動處，用5％的食鹽水噴灑，或每隔3～4天撒1次石灰粉。
六、線蟲
線蟲是一種無色的小蠕蟲，體型極小，長1毫米左右，主要危害蘑菇、香菇、黑木耳、平菇等。可從春天出耳牙時起，用1％石灰水上清液，或5％食鹽水溶液噴灑黑木耳，並在地面上撒石灰粉即可。局部發現線蟲，要將其周圍的培養料一起挖掉，並用0．1％碘化鉀溶液噴灑。
七、跳蟲
又叫煙灰蟲，成蟲灰色或紫色，若蟲白色，可危害多種食用菌的菌絲和子實體，在高温潮濕條件下養殖快，1年可發生5～7代。主要危害香菇、黑木耳、蘑菇、銀耳等。防治時可在進料前的菇牀架和進料後的料面上噴灑80％敵敵畏1000倍溶液或50％辛硫磷200～500倍溶液殺蟲。牀面無菇時，可噴灑0．4％敵百蟲或敵敵畏1000倍液加少量蜜糖進行誘殺。牀面出菇後發生跳蟲時，可用2．5％魚藤精乳油或20％除蟲菊醋800～1000倍液殺滅。
八、偽步行蟲
俗名黑殼子蟲。其幼蟲叫魚兒蟲，主要危害黑木耳。3～5月發生時，可用80％敵敵畏液噴灑耳場及其四周地面。伏前每隔10天，或每次採耳後噴一次魚藤精500～800倍液。
