食用菌最常見和危害較嚴重的雜菌主要有木黴、鏈孢黴、毛黴、麴黴、青黴、細菌等20多種。
木黴。木黴俗稱綠黴，幾乎能為害所有的食用菌，其對食用菌的為害表現為：（1）污染培養料與食用菌爭奪營養和空間；（2）分泌黴素殺傷、殺死寄主；（3）木黴菌絲接觸到寄主菌絲時將寄主菌絲纏繞切斷。
防治：開展綜合防治工作。（1）培養室、栽培場所應保持低温，空氣相對濕度控制在85%左右，並保持清潔衞生，通風良好；（2）一旦發生木黴為害，要立即通風降濕、菌筒感染初期，可採用30%-5%的石碳酸注射，抑制木黴的擴張。部分感染成熟的菌筒可挖除污染部位，在處理部位上撒施石灰粉或石硫合劑或波爾多液等，也可用多菌靈、施保功、甲基託布津等殺菌劑防治。如用50%多菌靈1000倍拌料可預防木黴的發生，但不宜在猴頭、木耳、銀耳上使用多菌靈。
鏈孢黴。鏈孢黴俗稱紅粉病，紅麪包黴病，為食用菌生產中常見雜菌，可污染所有的食用菌，是一種頑強、速生的氣生黴菌，培養料受污染後，還在料面迅速形成橙紅色或粉紅的黴層。
防治：儘量避開悶熱，潮濕的夏季高温期進行生產，注意搞好環境衞生。一旦出現桔紅色塊狀分生孢子團，用濕布或濕紙小心包好拿掉，浸入藥液中或深埋，切勿用噴霧器直接對病菌噴藥，以免孢子飛散；也可及時滴上適量的甲醛，煤油或柴油，然後用薄膜包紮，可使黴糜爛死亡。發菌後期受害，可將受害菌袋埋入深30-40釐米透氣差的土壤中，經10-20天缺氧處理後，能減輕病害可出菇。多菌靈、施保功等殺菌劑可控制鏈孢黴的生長。
麴黴與青黴。麴黴俗稱黃黴、綠黴、黑黴等。麴黴的種類很多。黑麴黴的菌落為黑色疏鬆的果粒狀；黃麴黴黃色、黃綠色，最後呈褐綠色；灰綠麴黴初白色後呈灰綠色；青黴，其種類多、菌落呈灰綠色、黃綠色或藍色粉狀黴層。麴黴、青黴均屬常見的雜菌，它們與食用菌爭奪營養、水分，並分泌黴素抑制食用菌生產。
防治：加強培養室的通風、降低温度，減少空氣相對濕度，可減輕危害，局部發生可用5%-10%的石灰水沖洗，其它防治方法可參考木黴防治。
