（1）培育和選用優良菌種優良菌種：一是種性要好種，具有高產、優質、抗逆性（含抗病蟲）強的特性；二是純度要高，無病蟲感染。最根本的還是培育抗病抗蟲能力強的新品種和新菌株；三是菌齡適宜。老化的菌種，不但生活力差，而且污染的概率多。選用菌種時，如果忽視了後兩點，往往是造成制種期或發菌期受病蟲感染嚴重的主要原因之一。如草菇的菌絲纖細，不濃密，生長快，但容易老化、自溶。如果瓶內菌絲萎縮，或部分菌絲出現自溶現象，或菌齡超過30天以上的，則是老化菌種。播種老化菌種後，不僅菌絲恢復慢，長勢差，產量低，而且易受病蟲感染。所以菌齡應選用20天左右的為最好。香菇菌種適宜的菌齡是以菌絲長滿瓶後即使用為好，一般在45～50天，用這種菌種，接種後菌絲萌發快，生活力強，污染率低。
（2）調節好適宜的酸鹼度食用菌對pH的要求，除草菇喜鹼性外，大多喜偏酸或中性的環境。而大多數病原菌喜中性或偏鹼性的環境。因此，在製作菌種時，可添加適量的過磷酸鈣，將培養基調酸一點，既可抑制病菌的發生，又可為食用菌提供一定的磷素。在菇牀上如發現一些喜鹼條件的病菌，如白色石膏黴、褐色石膏黴，可將過磷酸直接撒在發病料面上。
草菇播種後，培養料有由鹼變酸的趨勢，根據草菇喜歡鹼性環境的特性，可結合噴水和在每潮菇採收之後，用pH9的石灰水噴灑，以滿足草菇生長對pH的需要，同時又可抑制與草菇爭奪養分、。水分的鬼傘類的發生。因為鬼傘類喜歡酸性環境，在中性或微鹼性環境則生長不良。一些在中性或微鹼性環境液也能生長良好的菇類如蘑菇、平菇，栽培時所用的原料（稻草、棉籽殼等）可用1％～2％石灰水調配，採菇後也可用石灰水（上清液）噴灑。
（3）加強栽培管理，提高食用菌抗病抗蟲能力發菌期管理要以能促進食用菌菌絲生長又能抑制病菌發生為目的。採取的措施主要是：
①適當降温培養大多數病菌是喜高温的，食用菌除草菇外，要求的温度較低。因此，接種後培養温度應控制在25℃以下。適當降温培養，雖然菌絲生長速度較慢，但粗壯有力，而病菌明顯減少。
②降濕培養食用菌在菌絲體生長期要求的空氣相對濕度也比較低，因此，在發菌期空氣相對濕度應保持在60％左右，可以有效得抑制病菌的發生。
③及時翻堆檢查接種7天后進行一次翻堆檢查，發現受病菌侵染的，程度輕的菌袋可用75％酒精或1：3甲醛溶液注射患處；感染嚴重的，應用比原菌袋大一點的袋子套上紮緊，重新滅菌、接種。切忌將污染的菌筒脱袋曬乾再用，讓病菌孢子四處飛揚，造成嚴重的重複感染。
出菇期管理要注意科學用水，不清潔的水是會傳播病菌的媒介。因此，菇房的水分管理，一是要保證用水清潔，在難以保證的情況下，可用150毫克/升漂白粉溶液噴灑。二是噴水要促控結合，該多則多，該少則少。覆土後前期要輕噴、勤噴，待快出菇時才重噴出菇水。到出菇期，菇多時多噴，菇少時少噴。
菇牀噴水之後要結合通風。大多數病菌喜高温高濕，菇牀一旦出現病害，應停止噴水，加大通風量。
此外，應調節好菇房適宜的光、温、水、氣等生態條件，使食用菌菌絲生長健壯，增強生活力和提高抗逆性，能以旺盛的長勢，抑制病菌的發生和蔓延。
