1、換茬、輪作、切斷病蟲食源。對於發生過嚴重病害或蟲害的栽培房，不應連續種植相同的品種，以防相同病蟲爆發、難以控制。
2、選用抗病性強、生活力強、高純度菌種，引進優良菌種時選擇適宜季節温度出菇的品種，這樣才能消除或減少病蟲害侵染的機會，安全發菌順利出菇。
3、保持制種場所環境清潔、乾燥。提高菌種成品率的重要措施之一就是保持整個制種發菌場所清潔、乾燥、無污染的菌袋、無積水、排水溝通暢以及空氣、水源清新、乾淨。這樣空氣中雜菌指數低。
4、同一菇房、同一品種、同期播種、出菇。採取這種措施便於管理和防治病蟲危害。在保證正常出菇的條件下，適當降低菇房內的温度、增加通氣量、有助於減少病蟲菌生存條件。採菇後及時清除殘菇、斷根、清除污染菌袋，保持菇房清潔，程度地降低病蟲滋生條件。
