食用菌的病害主要分為競爭性雜菌、真菌性病害、細菌性病害、病毒性病害和生理性病害等，主要危害最多的是競爭性雜菌。生產中應遵循以農業預防為主，藥劑防治為輔的綜合防治方針。
一、競爭性雜菌及防治
競爭性雜菌有細菌、酵母菌、黴菌等9種雜菌，其中危害最大的是黴菌。黴菌主要分為綠黴、青黴、毛黴等。黴菌主要防治措施：
1.搞好制種和栽培場所的清潔衞生，加強通風換氣。
2.掌握好空氣濕度和温度。
3.培養料發酵徹底，搞好培養料的消毒，生產過程中採用無菌操作。
二、幾種主要真菌性病害及防治方法
1.幹泡病做好菇房消毒；培養料和覆土材料應滅菌處理；及時防治蟲害和蟎害；一旦發病噴施500倍的多菌靈或500倍的甲基託布津。
2.白腐病培養料進行二次發酵；覆土消毒是控制白腐病的關鍵，最好以60-70℃蒸汽消毒覆土30分鐘。覆土後和出菇前菌牀可噴灑多菌靈、甲基託布津和疣孢淨500-1000倍液進行防治。
3.軟腐病主要危害金針菇、平菇等。培養料進行二次發酵；覆土消毒；加強通風換氣，降低土表和空氣濕度；發病後噴施500倍甲基託布津或代森鋅液。
4.猝倒病主要危害雙孢菇、平菇等。選擇乾燥、無黴變料，減少病菌來源；覆土蒸汽消毒；培養料要高温發酵和進行後發酵；平菇應低温發菌和採用發酵料。
三、細菌性病害及防治方法
1.細菌性斑點病可侵染雙孢菇、金針菇、平菇等。空氣濕度宜控制在85%-90%，每次噴水後窯通風1小時，防止菇蓋表面積水潮濕；發病後及時清除，噴施100-200國際單位的鏈黴素或0.1%克黴靈。
2.黃色單孢桿菌病主要危害雙孢菇。防治中主要搞好培養料二次發酵和消毒；發病後噴施四環素、青黴素有一定的抑制作用；儘量減少温差和防止低温，以免菇面凝結水滴。
四、生理性病害
食用菌生理性病害是一種非病原性病害，主要是由於對環境條件(如温度、濕度、CO2濃度)，操作方法以及化學因子(如農藥化肥、pH值)的不適宜引起的。一旦條件改善，便可恢復正常生長。不同品種的食用菌生理病害也不盡相同，所以在生產中要嚴格遵循食用菌的生理特性來管理。
