早熟木瓜8月初進入成熟期，要注意提前採摘，對中熟品種和晚熟品種的採摘可以根據加工出售時間適當提前或推遲採摘10-20天。
採摘時最好分級進行，如無蟲害的一般作一級果，有蟲害的作二級果，有病害的作三級果，這樣加工時可首先加工三級果，然後是二級和一級。加工二級和一級果時，也可按果子的成熟程度確定時間採摘，這樣可以提高加工產品的亮度和香度。
在加工藥用木瓜時，一定要改變過去那種曬大塊為主的舊傳統。因為木瓜含大量的果膠和其它的有機養分，很難曬乾，容易黴爛，嚴重降低藥效。所以，提倡切小塊或片狀，在高温天氣好的情況下，兩天就可以曬乾，能夠確保優質藥效。
在大西北地區，由於氣候乾燥少雨，適應於切大塊，所以必須注意不同地區的氣候，因地制宜，確保藥用木瓜優質不腐爛。
