防治小麥葉鏽病主要採用藥劑防治和農業防治等綜合防治的措施。
藥劑防治：可用粉鏽寧、種子量0.2%的3%苯醚甲環唑懸浮種衣劑、種子量0.06%的6%戊唑醇懸浮種衣劑拌種包衣，發病初期可噴施20%三唑酮乳油1000倍液，或12.5%烯唑醇可濕性粉劑2000倍液，或者用粉鏽寧1000倍液防治。
農業防治：選育推廣抗病良種、田間精耕細作、合理密植、適量適時追肥等。
一、藥劑防治
1、拌種處理：種植前用粉鏽寧拌種，控制秋苗發病，減少越冬菌源數量，推遲春季小麥葉鏽病流行。也可以用種子量0.2%的3%苯醚甲環唑懸浮種衣劑，或種子量0.06%的6%戊唑醇懸浮種衣劑拌種包衣。
2、發病初期：噴施20%三唑酮乳油1000倍液，或12.5%烯唑醇可濕性粉劑2000倍液，每10-20天噴1次，防治1-2次。也可以用粉鏽寧1000倍液防治，每10-20天噴1次，連噴2-3次防治效果較好。
二、農業防治
1、因地制宜，選育推廣抗（耐）病良種
（1）合理搭配和輪換種植多個品種，避免單一品種長期大面積種植，以延緩和防止因病菌新生理小種的出現而造成品種抗病性的退化。
（2）近年新育成的抗葉鏽冬小麥品種有京冬1號、8號以及京核3號、京411、北農白、皖麥26、27、28號等；春小麥品種有墾九5號、龍麥23號、龍輻麥7號、蒙麥30號、京引1號、隴春8139、定豐3號等。
2、加強栽培防病措施
（1）田間精耕細作，消滅雜草和自生麥苗，控制越夏菌源。收穫後及時翻耕滅茬，消滅當地越夏菌源。
（2）在秋苗易發生小麥葉鏽病的地區，應適當晚播，可有效減輕秋苗發病，減少越冬菌源。
（3）合理密植，提高根系活力，適量適時追肥，避免過多過遲施用氮肥。
（4）小麥葉鏽病發生時，南方多雨麥區應開溝排水；北方乾旱麥區應及時灌水，可補充因鏽菌破壞葉面而蒸騰掉的大量水分，減輕產量損失。
