化學防治：使用立克秀、苯醚甲環唑懸浮種衣劑、戊唑醇懸浮種衣劑、甲基異柳磷乳油、辛硫磷乳油等拌種，返青期使用烯唑醇、苯醚甲環唑·丙環唑乳油、多抗黴素可濕性粉劑、腈菌唑乳油、氟硅唑乳油、硅噻菌銨懸浮劑、咯菌腈懸浮劑等兑水噴霧，播後1個月左右，秋苗用三唑酮（粉鏽寧）或全蝕淨順壟噴灑。
農業防治：種植耐病品種、禁止從病區引種、合理輪作、平衡施肥、深翻耕地等。
一、化學防治
1、拌種
（1）播種前，用種子重量0.2%的2%立克秀拌種。嚴重地塊可用3%苯醚甲環唑懸浮種衣劑（華丹）80ml，兑水100-150ml，拌10-12.5kg麥種，或6%戊唑醇懸浮種衣劑，按種子量的0.03%-0.05%拌種堆悶6小時後陰乾播種，晾乾後即可播種也可貯藏再播種。
（2）在小麥全蝕病、根腐病、紋枯病、黑穗病與地下害蟲混合發生的地區或田塊，可選用40%甲基異柳磷乳油50ml或50%辛硫磷乳油100ml，加20%三唑酮（粉鏽寧）乳油50ml後，兑水2-3kg，拌麥種50kg，拌後堆悶2-3小時。
2、返青期防治
返青期每畝可用12.5%烯唑醇可濕性粉劑40-60g，或30%苯醚甲環唑·丙環唑乳油20-30ml，或1.5%多抗黴素可濕性粉劑80-160g+20%腈菌唑乳油45-55ml+40%氟硅唑乳油20-30ml，或12.5%硅噻菌銨懸浮劑20-30ml，或2.5%咯菌腈懸浮劑20-40ml，兑水45kg後均勻噴霧。
3、藥劑灌根
（1）播種後30天左右，秋苗每畝用150-200g15%三唑酮（粉鏽寧）可濕性粉劑兑水60L，或12.5%全蝕淨，順壟噴灑，次年返青期再噴一次，可有效控制小麥全蝕病，並可兼治小麥白粉病和小麥鏽病。
（2）返青至起身期，小麥春苗藥液灌根，用藥和噴灌方法同秋苗，但注意灌根前後幾天不要澆水。
二、農業防治
1、種植耐病品種
小麥種子要嚴格篩選，種植具有抗性的小麥良種，如煙農15號、濟南13號、濟寧3號等。
2、禁止從病區引種
嚴禁從病區引種，防止病害蔓延，對懷疑帶病種子可用51-54℃温水浸種10分鐘或用有效成分0.15託布津藥液浸種10分鐘，殺死種子表面的病原菌。
3、合理輪作
有水源地區麥稻輪作，旱地小麥與非寄主作物如棉花、甘薯、煙草等輪作可明顯減輕病害；對即將衰退田，要保持小麥玉米複種或連作，促進全蝕病自然衰退。也可改種大豆、油菜、馬鈴薯等，能明顯降低發病率。
4、平衡施肥
小麥全蝕病的發生主要是因為營養元素缺乏導致的，因此要合理施肥，多施基肥，發揮有機肥的防病作用，增施腐熟有機肥，提高土壤有機質含量，提倡施用酵素菌漚制的堆肥，這樣才能避免小麥全蝕病的發生。
5、生物防治
對全蝕病衰退的麥田或即將衰退的麥田，可推行小麥兩作或小麥玉米一年兩熟制，以維持土壤頡抗菌的防病作用。
6、深翻耕地
小麥全蝕病是由於病菌對小麥侵襲導致的，因此在光照較好的時候對土壤進行翻耕，可以防治全蝕病。
