化學防治：選用三唑酮（粉鏽寧）、烯唑醇（速保利）等拌種，立克秀（戊唑醇）或苯醚甲環唑懸浮種衣劑包衣，選用三唑酮、烯唑醇、敵力脱（丙環唑）、特富靈可濕性粉劑等噴灑，或用氟環唑、戊唑醇、己唑醇、三唑醇等三唑類殺菌劑以及嘧菌酯、吡唑醚菌酯、醚菌酯、啶氧菌酯、肟菌酯等甲氧基丙烯酸酯類殺菌劑噴灑。
農業防治：選用抗病良種、適期晚播、消滅田間菌源、加強田間管理等。
一、化學防治
1、拌種和包衣
（1）選用25%三唑酮（粉鏽寧）可濕性粉劑40-60g，拌種50kg；或12.5%烯唑醇（速保利）可濕性粉劑60g，拌種50kg。
（2）選用種子量的0.15%為使用量，濃度為2%的立克秀（戊唑醇）對種子進行包衣；或用種子量0.2%的3%苯醚甲環唑懸浮種衣劑包衣。
2、農藥噴灑
（1）秋季和早春，每畝可用25%三唑酮或12.5%的烯唑醇可濕性粉劑30g，兑水60kg噴霧；也可用25%敵力脱（丙環唑）乳油2000倍液或30%特富靈可濕性粉劑2500倍液噴霧。若病情較重，可在15天左右時再防治一次。
（2）其他藥劑如氟環唑、戊唑醇、己唑醇、三唑醇等三唑類殺菌劑以及嘧菌酯、吡唑醚菌酯、醚菌酯、啶氧菌酯、肟菌酯等甲氧基丙烯酸酯類殺菌劑，對小麥鏽病都有一定的防效。
二、農業防治
1、合理選用抗鏽病良種
（1）種植具有抗性的小麥良種，如雲麥2號、3號、39號、55號、56號；臨麥6號、15號、16號；宜麥1號、2號；煙農19、23等系列品種。
（2）推廣小麥良種的同時，還要注意抗病品種的合理佈局和輪換，防止抗病品種混雜和喪失抗性，防止品種單一化。
2、播種地塊的選擇及播種
（1）選擇地勢平坦、坡小、冬季積雪穩定、麥苗能安全越冬的地塊，土壤肥力中上等，排灌良好，以土層深厚的壤土或砂壤土為佳，前作為水稻、油菜、豆類、綠肥等。
（2）根據測土配方，在翻地前每畝施1500-2000kg有機肥，均勻撒到地裏，立即耕翻，耕翻深度達到25cm以上。
（3）適墒期內用輕型耕機或用畜力耙細保墒、整平地塊，整地應達到“齊、平、鬆、碎、淨、墒”六字標準，做到土壤細碎、無漏耙現象，為播種創造良好的條件。
3、適期晚播
在適播期內，在保墒的前提下，要適當晚播，可有效減輕秋苗發病，減少越冬菌源。播種越早，病菌侵染的機會越多，越冬菌源量越大，發病就越早、越重。
4、消滅田間菌源
在冬小麥越冬返青時，隨時檢查病情，發現病葉和發病中心，徹底剷除，防止傳播蔓延。在鏽菌的越夏基地麥收後及時翻耕滅茬，消滅自生麥苗，減少越夏菌源，也可減輕小麥鏽病的發生。
5、加強田間管理
合理施肥，增施磷、鉀肥，促進小麥植株生長健壯，抗病高產，避免偏施氮肥和過晚施肥，造成貪青晚熟；及時澆水，以補充因孢子堆表皮破裂而損失的水分。
