保持適宜的温濕度，避免在菇房內噴灑冷水。灑水時，還要避免金針菇的子實體接觸到水分。
避免菇房內的温度長期處於90%以上，根據天氣的變化做到“輕、勤、細”灑水，陰雨天要減少或停止灑水。
灑水後要注意通風，覆蓋地膜。出菇期間，將室温保持在17℃左右。
發病時，拔除病菇，並噴施漂白粉600倍液等藥物。
一、金針菇黑斑病的防治方法
1、控制好温度和濕度。給菇房灑水時，不能將水直接灑在金針菇子實體上，嚴禁用冷水噴灑。
2、菇房內的濕度不宜長時間超過90%，要看天氣變化灑水，晴天灑水要輕、勤、細，陰雨天要少灑或不灑水。
3、每次灑水後加強通風，然後覆蓋地膜。出菇期間室內氣温應調為17℃左右。
4、發病後要及時將病菇摘除，並噴灑100-200單位的農用鏈黴素或漂白粉600倍液進行防治。
二、金針菇黑斑病的的病症
1、金針菇黑斑病是一種由假單孢菌引起的性病害。
2、發病後，金針菇菌蓋出現橢圓形褐色或深褐色斑點，初為針尖狀，擴大後直徑為2-4毫米，邊緣整齊，有時菌蓋開裂。
三、金針菇基腐病怎麼防治
1、發病症狀
（1）金針菇基腐病初期症狀不明顯，在根部側面有小塊的淡黃色斑點，黃色斑點隨着金針菇隨着而變大，顏色也會越來越深，最後悔變為黑褐色或者黑色，所以又被叫做黑根部。
（2）在大棚環境下，温度通常比較高，所以基腐病發展也比較快，會在短時間內侵染到大部分根部，會出現金針菇子實體倒伏的情況。而在可控温度的菇房內，它的發病面積一般會較小，而且直至採收也不會出現子實體倒伏的情況。
2、發病規律
（1）通常金針菇基腐病是感染瓶柄青黴引起的，另外也有幾種細菌和真菌感染金針菇根部，也會表現為金針菇基腐病的症狀。
（2）基腐病一般發生在栽培2年以上的菇房，高温、高濕、菇房衞生環境差是金針菇基腐病發病的誘因，尤其是在濕度偏大，空氣濕度過於飽和，以及料面有積水時，這樣發生金針菇的基腐病發生概率會更高。
3、預防措施
催蕾期間濕度控制料面不產生積水是預防金針菇基腐病的主要手段，同時也要做好菇房的衞生清理工作，在金針菇發生基腐病時，由於病部是根部，所以沒有辦法使用任何藥物進行治療，所以在菇房生產前一定要經過藥物消毒，儘量的降低基腐病發生概率。
4、化學防治
在發現菇房內有病菇時，應該及時清除，再噴施500倍液的多菌靈或800倍的甲基託布津藥劑，這樣能極好極好的防治效果。
