金針菇袋式栽培，就是用塑料袋作栽培容器，老法是一頭出菇種植，不能充分利用空間，產量低。新法兩頭出菇產量高，效益好，成本也低。袋式栽培包括裝料、發菌和出菇。通常把裝料發菌的過程叫菌袋培養。金針菇袋栽的關鍵是菌袋培養，包括拌料、裝袋、滅菌消毒、接種和發菌培養。根據滅菌方法不同，選用不同質量的塑料袋裝。如用高壓蒸氣滅菌，選用耐高温高壓的聚丙烯塑料，常壓蒸氣滅菌可用低壓聚乙烯塑料。料袋筒寬17釐米，長35釐米。培養料常用的配方比例：棉籽殼89%，麩皮10%，石膏或碳酸鈣1%。料與水的比例是1∶1.4-1.5。攪拌後達到手握成團，手鬆散開為宜。玉米芯栽培料的配方：玉米芯73%，麩皮25%，石膏1%，蔗糖1%。料與水比例為1∶1.4-1.5。裝入袋內的培養料一般300，500克。把料袋放人蒸鍋內，水温燒到100℃，經8-10小時，可達到滅菌要求。用消過毒的料袋接菌種。栽培金針菇和種莊稼一樣，選好良種才能高產。好的菌種有旺盛的生命力，能抑制雜菌生長。接種時點燃酒精燈，用滅過菌的鑷子將原種或栽培種弄碎，在點燃酒精燈的無菌區內，打開料袋兩頭的扎口，分別接入原種或栽培種，接種完畢用繩把袋口扎住。全部過程要在無菌條件下操作。金針菇生長階段需氧不多，通常採用封閉式的發菌培養。
菌絲生長適宜的温度是23-25℃。十般袋內温度比室温高2℃左右，培養室的温度不能低於20℃。建造地溝菇房或半地下房式菇房，有利於保持適宜的温、濕度。在農村利用房前屋後空地，選擇地勢高、向陽、地下水位較低的地方挖溝建菇房。溝寬4米，深2米，頂棚覆蓋塑料布和作物秸稈，正對溝中間人行道及四周設通風口，以便調節通風、透光和温度。地溝內放三排牀架，牀架寬40釐米，高2米。牀架用竹竿鋪設5層，層間距離40釐米，每層可橫向堆放4層料袋。使用前，牀架要進行消毒處理地溝菇房以土做牆壁，土是熱的不良導體，有利於保持菇房恆温，土還是水的良好載體，有利於菇房保持濕度。地溝菇房較暗，有利於菇體保持白色。菇房使用前要消毒，常用的消毒劑有石碳酸、來蘇兒和漂白粉等。發菌階段的菇房温度應保持在23-25℃，冬季要採取加温措施。相對濕度保持60%左右。濕度太大易生雜菌，每天定時通風，有利菌絲生長。接種10-15天，菌絲生長量小，呼吸量也小，菌袋內氧氣可滿足需要。當料袋菌絲增多，長到5釐米左右，代謝活動隨之加強，需氧量增加，這時應解開菌袋兩頭扎口，增加通氣，促進菌絲生長。為了促使發菌均勻，每隔10天將牀架上下層和裏外的菌袋調換1次位置，菌絲長滿料袋時，要敞開袋口，以利出菇。菌絲由孢子長成，生長30天左右長滿料袋就開始出菇了。從接種到菇體長成大約要兩個月。進入出菇管理，温度要降到10-12℃，低温對出菇有利。相對濕度保持90%。濕度不夠時，可往地面噴水，但不要噴到菇體上，以防爛菇。出菇階段要控制好通風、透光、温度、濕度和二氧化碳濃度。若管理不善，會出現畸形菇。比如，有的菌蓋很小，人們叫它針頭菇，這是因為二氧化碳濃度過高造成的。如果通風太強，菌蓋長的太大，也不符合商品菇的要求。菇體顏色好，菌柄長到10釐米以上，菌蓋直徑達到1釐米就可以採收了。採收時，一手按住袋口，一手輕輕抓住菇叢拔下，平整地放入筐內。剛採下的菇要剪去菌柄基部，放在光線暗、温度低的地方，以便儲運銷售。也可把鮮菇放在鋁鍋內煮沸，鹽漬儲存。
