羊駝是單胎動物，妊娠期長（342－345天），第一個月的流產率較高，因此羊駝的繁殖率低。因此，提高羊駝的繁殖率，是發展羊駝養殖業面臨的主要問題。
雌性羊駝一般在12個月大時進行配種，美國羊駝一般在18個月大時。一頭健康，有繁殖能力的母羊駝，每年可生下一頭小羊駝，可持續繁殖到15-16年。妊娠期一般是11.5個月或335天左右，如果是第一次可能還要長些。遭受任何形式的壓力都會造成母羊駝的流產，這也是一個很大問題，多胎相當罕見。交配通常是在人工控制的條件下進行，以確保可做精確的記錄。首先將雌雄羊駝安置到一個單獨的柵欄中，如果雌羊駝卧下，也就是準備好了交配，正常情況下一般20-40分鐘交配完畢。羊駝都是在誘發卵子的條件下，保證能在任何時候都能受孕，一般大多數交配安排在春夏季節，以避免冬季分娩。雄性羊駝在交配過程中誘發卵子的排放。
第一次交配7天后，雄羊駝再次被引到雌羊駝處，如果雌羊駝見到後就扒地、跑開，那就是説已經受孕。60天時，採用超音頻音響測試受孕狀況。採用將雄羊駝引到雌羊駝處的做法稱為“唾液分泌法”，可以貫穿孕期的始終，血液測試有時可用來測量增多的荷爾蒙。在澳大利亞，也有一些胚胎移植和人工授精到目前還不曾成功過。羊駝一般在日間分娩，而且小羊駝2小時後就可站立。許多飼養員都會在開始的幾天內給小羊駝身上蓋上一層東西，尤其是在天氣不穩定的時候。
目前，主要採用先進的科學技術手段來提高羊駝的繁殖率。經過專家的研究，人工授精、胚胎移植和孕酮植入這些先進技術可望能為未來發展羊駝養殖業助一臂之力。
