餅肥一般要經過發酵後才能施用。因為餅肥中所含的植物營養元素都是有機態的，植物不宜直接吸收；餅肥中含有一定量的油脂，分解遲緩，且減少土壤水分的含量，不利於植物對營養的吸收；餅肥發酵分解時產生的酸性物質對種子發芽和幼根發育有防礙作用；餅肥在發酵分解過程中能產生高温，屬熱性肥料，如施用不當，會引起燒根或影響種子發芽。含油脂較多的餅肥，必須發酵之後才能施用；有些餅肥如豆餅，碳氮比小，腐熟較快，可以直接施用；對作物影響不大。
餅肥發酵：將餅肥放入蒸鍋裏蒸，充分吸收水汽和熱量，然後將餅肥裝入密封的缸內，冬天4個月，夏天2個月，自然發酵，開封后倒出晾乾備用；或者直接將餅肥搗碎，將其與堆肥、廄肥共同堆積2-3周；或將腐熟的人畜糞尿加入碎餅肥中，共同漚制2-3周。
