畸形菇是平菇生產中較為常見的生理性病害，嚴重影響平菇的產量和質量，甚至完全喪失商品價值。這種病害主要是管理不當造成的，少數是由菌種退化、變異、病毒感染所致。
畸形菇主要類型有：
1.高腳菇
菌蓋小，分化較差，菇柄較長。發生的原因是原基形成及分化期，菇房缺氧，光照不足，同時温度偏高，影響了菌蓋的正常分化和發育。
防治方法：加強通風，調節光照和温度。
2.瘤蓋菇
菌蓋表現，主要是邊緣有許多顆粒狀突起、色淺，菇蓋僵硬，生長遲緩，嚴重時菇蓋分化較差，形狀不規則，原因是菇體發育温度過低，持續時間較長，致使內外層細胞生長失調。
防治方法：調節菇房温度在平菇生長最低温界限以上，並有一定温差，促進菇體生長、發育、分化。
3.菜花菇
菇形象菜花，多分枝，初期原基呈蛋形，膨大、隆起、不分化。後期有多分枝。原因是出菇前或出菇期間菇牀或菇房噴灑了高濃度的農藥，尤其是“敵敵畏”，幼菇極敏感最易引起這種病害。也可能是菇房含有其他有害氣體：如二氧化碳濃度過高、燃煤釋放二氧化硫等。
防治方法：菇房慎用農藥，使用時濃度不可過高。尤其出菇期絕對不允許使用敵敵畏，加強通風換氣、排出有害氣體。
4.萎縮菇
菇體初期正常，在膨大期即泛黃、水腫狀或幹縮狀，而停止生長，最後變軟腐爛。水腫狀原因是濕度過大或有較多的水直接噴在幼小菇體上，使菇組織吸水，影響呼吸及代謝而停止生長死亡。幹縮狀是因為空氣相對濕度較小，通風過強，風直接吹在菇體上，使平菇失水而死亡。或者培養基營養失調，形成大量原基後，有部分迅速生長，其餘由於營養供應不足而停滯。
防治措施：控制濕度在80～85%之間，不要向幼小菇體上噴水，不讓風直接吹在菇體上。合理配比培養料成分。少數萎縮菇是由於菌種退化，症狀是菌蓋尚未長足夠大即反捲、發黃、萎縮。防治方法：選用優良品種。
5.珊瑚菇
原基分化不正常、鬆散、多細小分支，形狀象珊瑚。原因是原基發生時，嚴重通風不良，光照極弱，氮源欠缺。
防治：加強通風和光照調節碳氮比例，添加氮源。
6.瘤蓋菇
菇體發育生長緩慢，菌蓋上出現顆粒或瘤狀突起物。發病嚴重時，菌蓋僵縮，菇質硬化，菇體停止生長髮育。
防治：選擇中低温型品種進行栽培，加強温室保温、增温措施，控制好温室出菇温度。通常中温型品種温室出菇温度應控制在8℃以上，低温型品種應控制在2℃以上。
7.粗柄菇
在原基發生後，菌蓋分化和發育不正常，主要表現為菌蓋小、菌柄長且柄粗質硬，商品價值大大降低。
防治：低温天氣，產菇的温室在採取密閉式保温防寒措施時，要注意在中午進行短時間的通風換氣，以確保温室內氧氣的足量供應。
8.藍色菇
在菇體生長髮育過程中，菌蓋邊緣產生藍色暈圈，嚴重時整個菇體如同被潑上藍墨水，甚至採收後也不消退。
防治：這是菇體一氧化碳中毒的症狀，要及時將一氧化碳等有毒氣體排出室外。温室增温最好採用日光或暖氣增温。
