1.高腳菇。菌蓋小，分化較差，菇柄較長。發生的原因是原基形成及分化期菇房缺氧、光照不足、温度偏高，影響了菌蓋的正常分化和發育。防治方法：加強通風，調節光照和温度。
2.瘤蓋菇。菌蓋表現主要是邊緣有許多顆粒狀突起、色淺、菇蓋僵硬、生長遲緩，嚴重時菇蓋分化較差，形狀不規則。發生原因是菇體發育時温度過低，持續時間較長，致使內外層細胞生長失調。防治方法：調節菇房温度在平菇生長最低温界限以上，並有一定温差，促進菇體生長、發育、分化。
3.菜花菇。菇形像菜花，多分枝。發生原因是出菇前或出菇期間菇牀或菇房噴灑了高濃度的農藥，幼菇極敏感最易引起這種病害。也可能是菇房含有其他有害氣體，如二氧化碳濃度過高、燃煤釋放二氧化硫等。防治方法：菇房慎用農藥，使用時濃度不可過高。
4.萎縮菇。菇體發育初期正常，在膨大期即泛黃、水腫狀或幹縮狀，而停止生長，最後變軟腐爛。水腫狀原因是濕度過大或有較多的水直接噴在幼小菇體上，使菇組織吸水，影響呼吸及代謝而停止生長死亡。幹縮狀是因為空氣相對濕度較小，通風過強，風直接吹在菇體上，使平菇失水而死亡。或者培養基營養失調，形成大量原基後，有部分迅速生長，其餘由於營養供應不足而停滯。防治方法：選用優良品種。
5.珊瑚菇。原基分化不正常、鬆散、多細小分支，形狀像珊瑚。防治方法：加強通風和光照調節碳氮比例，添加氮源。
