消毒與滅菌是兩個不同的概念。消毒是通過物理或化學方法殺死或除去部分微生物，如病原微生物、微生物營養體等，而對於芽孢或孢子則不起作用，因此它是部分和表面的；而滅菌是通過物理或化學方法殺死或除去所有的微生物，因此它是全部和徹底的。
一、物理方法
1.乾熱滅菌一般用於滅菌後保持乾燥狀態的物品。
(1)灼燒滅菌直接用火焰把微生物燒死，滅菌簡便、徹底、迅速、可靠，但使用範圍有限。常用於接種工具、試管口、瓶口、棉塞等。對於玻璃、瓷製品，灼燒前應充分乾燥，以免炸裂。
(2)乾熱空氣滅菌利用烘箱熱空氣進行烘烤滅菌，操作時逐漸升温至140-160℃，保持2-3小時即可達到滅菌目的。它具有速度快、方便，但僅適用於金屬、玻璃器皿，不適用於培養基。
2.濕熱滅菌由於濕熱蒸汽的穿透力強，因此滅菌效力高。
(1)高壓蒸汽滅菌又稱加壓滅菌。它是根據蒸汽温度與蒸汽壓力成正比，即壓力升高，沸點也升高的原理進行滅菌。如採用壓力0.103兆帕，温度121℃，保持30分鐘即可殺滅液體培養基內所有營養菌體和芽孢。因此，可大大縮短滅菌時間，是一種最有效、用途最廣的滅菌方法。在靈芝科研生產中，常以壓力O.103兆帕保持30分鐘對斜面培養基、無菌水、器皿、接種工具等進行滅菌；而體積大，熱傳導性能較差的木屑、麩糠、棉籽殼等培養基則需採用0.137兆帕保持1.5-2小時滅菌。
高壓鍋使用前除了認真閲讀使用説明書外，還需注意以下問題。
①用前需加水每次使用前首先向鍋內加水，加入量以達水位標記為度。切忌空燒或加水不足，中途燒乾而引起爆炸事故。
②正確疊放物料放入鍋內滅菌的培養基、物料等，疊放時需留縫隙，使蒸汽暢通，若疊放緊密，將阻礙蒸汽穿透，物料內外温度不均勻，造成死角，致使滅菌不徹底。
③排盡冷空氣加熱滅菌時打開排氣閥，使鍋內冷空氣排出，當水沸騰有大量蒸汽衝出時再關閉排氣閥。若滅菌鍋內留有冷空氣，則它受熱後很快膨脹，壓力上升，使壓力與温度產生差異，即壓力高、温度低，形成假性蒸汽壓，造成滅菌不徹底。
④滅菌後自然降壓滅菌結束後任其自然緩慢降温減壓，若排氣減壓太快，鍋內產生負壓而瓶袋內壓力瞬時大於鍋內壓力造成料袋鼓氣膨脹拉薄、脹破，或棉塞沾污、脱落等情況發生。⑤防止棉塞沾濕滅菌時棉塞被冷凝水弄濕，則失去濾菌目的，同時導致黴菌滋生。為防止潮濕，棉塞應朝外或朝上，避免與鍋壁接觸而被周壁下流的冷凝水沾濕，也可在瓶口上包紮薄膜或套上小型塑料袋。
(2)常壓蒸汽滅菌為生產中普遍應用的滅菌方式，如蒸籠、鐵桶、土蒸灶、蒸汽爐等。滅菌時瓶、袋有序並留有一定間隙地排放在鍋內柵格上，100℃保持8小時或更長時間滅菌。滅菌結束需待温度降至70℃以下才可打開，否則易引起料袋鼓氣拉薄而報廢。常壓滅菌不足之處是滅菌時間長、消耗能源大、水易燒乾或需經常加水等。
(3)間歇滅菌每次加熱上氣至100℃，保持1小時，然後保持一定温度(30-37℃)培養24小時，促使芽孢萌發成為營養細胞，再進行第二次蒸煮，如此共3次即可將微生物及芽孢全部殺死。
(4)煮沸消毒將器皿、物品放水中煮沸15分鐘，微生物營養體可殺死，若水中加入2%-5%石炭酸也可殺死芽孢，若加入1%小蘇打可提高水的沸點，加速芽孢死亡，並能防止金屬器械因煮沸而生鏽。
(5)巴斯德消毒也稱巴斯效應或低温消毒。即60-70℃經過一定時間，殺死病原微生物和細菌的營養體。培養料堆制發酵，就是利用這一原理，殺死其中的有害微生物，但時間需更長。
3.過濾滅菌利用濾材阻留作用除去微生物的方法。常用於空氣過濾和某些加熱易揮發或改變性質的液體除菌。食用菌機具設備中的空氣淨化器、發酵罐空氣過濾；制種中的棉花塞、口罩等也是簡單的空氣過濾形式。
4.紫外線滅菌其殺菌作用在於促使細胞質變性，致使菌體死亡。其次空氣在紫外線的照射下，產生臭氧(03)，也具有殺菌作用。殺菌作用最強為波長250-260納米，市售紫外線燈管波長多以253.7納米。各種微生物對紫外線的耐受力有區別，如真菌孢子對紫外線耐受力最強，細菌芽孢次之，最微弱的是微生物營養體。紫外線屬低能量的電磁輻射，穿透力很差，因此它一般僅限於物體表面和空氣殺菌。
