因為自然界裏到處有微生物的存在，如空氣、所有原料、水以及一切用具和器具的表面，這些微生物對食用菌菌種而言，都屬於有害菌，即通常所説的雜菌。菌種要求絕對不能染上雜菌，所以必須進行嚴格滅菌。
1、加熱滅菌法普遍使用的是常壓一次滅菌法，所需設備簡單、投資少、成本低，適合我國農村使用。此法只要砌一個鍋灶，買一口大鍋，做幾個蒸籠就可以了。把待殺菌的物品放入蒸籠裏，從上氣開始，保持蒸煮6-8小時，即可達到滅菌的目的。
2、紫外線滅菌法開紫外燈30-40分鐘，基本上可達殺菌目的，距照射物的距離以不超過1.2米為宜。注意紫外線對人體有傷害作用，所以不能用眼睛直視開着的紫外線燈，也不能開着燈工作。
