川芎根腐病多發生於每年的4—5月，5月下旬一6月中旬進入盛發期，是種植川芎的大害，一些地方因死株過多，被迫放棄繼續管理。受害根地上部從外圍的葉片開始褪色發黃，逐漸向心葉擴展，最終凋萎；地下根莖的病部呈褐色至紅褐色，發乾，後內部壞死。若天氣潮濕多雨，常變為濕腐，根莖迅速腐爛，直至無法從土中拔起。
防治方法：
(1)用無病健株留種，播種前注意汰除病種子。並用新高脂膜拌種，驅避地下病蟲，隔離病毒感染，加強呼吸強度，提高種子發芽率。
(2)實行輪作，切忌重茬。及時整地，適度深翻晾曬，雨後及時排水，降低田問濕度。提高植株自身抗病能力，噴施藥材根大靈，使根莖快速膨大，大大提高藥用含量。
(3)發病初期噴淋或澆灌50％多菌靈可濕性粉劑800倍液或50％苯菌靈可濕性粉劑1500倍液、36％甲基硫菌靈懸浮劑600倍液+新高脂膜防治。
