辣椒根腐病在發病初期，可以選用霜黴威、甲霜靈、惡黴靈或者乙酸素進行兑水，然後淋根防治，一週後再選用枯草芽孢桿菌、哈茨木黴菌等藥劑再噴淋根部進行防治。
(1)精選品種。選好並整好育苗地塊。選擇優質品種，並對種子進行浸種+種衣劑處理，並適期播種。(2)實行與豆科、禾本科作物進行3～5年輪作。(3)田間管理。①精耕細整土地，悉心培育壯苗，在移植時儘量不傷根，精心整理，保證不積水漚根，施足基肥。②定植後要根據氣温變化，適時適量澆水，防止地上水分蒸發、苗體水分蒸騰，隔絕病毒感染。要噴施促花王3號，促花芽分化，多開花，多坐果。③分別在花蕾期、幼果期、果實膨大期噴施辣椒壯蒂靈，增強植株營養匹配功能，使果蒂增粗，促椒體健康生長，增強抗病能力。(4)定植後温度控制在20～30℃、地温25℃、濕度不高於90%。使幼苗茁壯成長。
