甜椒品種間耐藏性差異較大。一般色深肉厚、皮堅光亮的晚熟品種較耐貯藏。如麻辣三道筋油椒、世界冠軍、茄門、MN-1號等。採收時要選擇果實充分膨大、光亮而挺拔，萼片及果梗呈綠色堅挺、無病蟲害和機械傷的完好綠熟果作為貯藏用果。
秋季應在霜前採收，經霜的果實不耐貯，採前3～5d停灌水，保證果實質量。採摘甜椒時，捏住果柄摘下，防止果肉和胎座受傷；也有使用剪刀剪下，使果梗剪口光滑，減少貯期果梗的腐爛，避免摔、砸、壓、碰撞以及因扭摘用力造成的損傷。
採收氣温較高時，採收後要放在陰涼處散熱、預貯。預貯過程中要防止脱水、皺褶，而且要覆蓋注意防霜。入貯前，淘汰開始轉紅果和傷病果，選擇優質果實貯藏。
