對於普通肥料而言其功效也更為顯著。但是，在施用有機肥的過程中，如果不能採用合理正確的方法，還是可能會給土壤造成嚴重的危害，甚至會嚴重影響到農作物的健康成長。
土壤是農作物成成長的根本，只有優質的土壤才能培育出更為茁壯健康的農作物，但是，當前，我國大部分的地區都存在土壤污染嚴重的問題，包括突然酸化、鹽鹼化以及結板等狀況，這樣的土壤幾乎已經不能再種植任何作物，而且也成為一片廢地。隨着這個問題變得日漸嚴峻，農民們在將來都有可能要面臨可耕種的土地越來越少的問題，這非常不利於農業的發展，也不利於農民的收益。
其實，土壤之所以會出現各種各樣的污染問題，關鍵還是在於有機肥的使用方法不正確，在日積月累下導致土壤問題加劇。那麼，如果沒有正確使用有機肥究竟會給土壤造成哪些難以想象的危害呢。
一、土壤鹽化
在大多數的有機肥中，都含有氯化鈉成分，尤其是像雞糞裏更是含有大量的氯化鈉。不少農民總認為，一次性大量施用就能達到更好的效果，所以在施用時根本沒有按照相應的比例施用，而是盲目大量施用。結果導致土壤失去了活性，鹽化問題加重，也讓土壤失去了吸收其他元素的能力，這樣在無形之中就會導致農作物生長緩慢，進而直接影響到終的產量，不僅不會讓農民獲得預想的收益，還有可能導致錢財的白白流失。
二、燒根
不少農民為了省事兒有時會直接將有機肥用在田裏，這種方式確實比較省時間省精力，但是，也非常容易出現燒根的現象。因為將有機肥直接施用的過程中會導致土壤的温度瞬間升高，將手放在土壤上也能明顯感受到這種温度變化。這正是有機肥進入土壤之後出現的發酵現象，當時一瞬間散發出的熱量很容易導致植物的根系受到嚴重的影響，很可能會因為超過耐温極限，終將根系燒壞死掉。
三、蟲害
在不少有機肥中都還有大量的病菌蟲卵，這些細微的難以用肉眼觀察到的病菌會很快進入土壤之中，並且當遇到適宜的温度時還可能大量繁殖，進而導致蟲害氾濫，終也將嚴重破壞土壤的營養成分，進而影響農作物的健康生長。
