使用方法：一般可進行穴施，施用量為0.5-1.5公斤/穴，施用後覆蓋土壤。
注意事項：菌肥不宜與殺菌劑混用，避免其中的活性菌被滅殺，在裝有紫外線燈的温室大棚內要慎用菌肥，避免生物活性菌被紫外線滅殺，使用菌肥後要在晴天上午澆灌小水，然後適當劃鋤，這樣既能增強土壤的通透性，又能提高使用效果。
一、菌肥的正確使用方法
1、使用方法
（1）一般可進行穴施，或開溝施用，每個穴內可施入0.5-1.5公斤，施用後再覆蓋土壤。
（2）當菌羣集聚後才能夠發揮出更好的效果，所以菌肥不宜撒施、衝施，避免菌羣被衝散。
2、注意事項
（1）菌肥不能和殺菌劑混用，否則會滅殺其中的活性菌，導致菌肥失去效果。
（2）在温室大棚內使用菌肥時，應關閉紫外線燈，因為紫外線也會對生物活性菌起到滅殺作用。
（3）使用菌肥後要在晴天上午澆灌小水，澆水後還要適當劃鋤，以增強土壤的通透性，提高菌肥的使用效果。
（4）大多數生物菌都屬於好氧菌，它們在見幹見濕的土壤中的活性更高，所以澆水後可提高它們的活躍度，從而確保使用效果。
二、菌肥的作用
1、調節生長
菌肥裏面的微生物在繁殖時會產生代謝產物，這些代謝產物可以刺激作物體內產生赤黴酸、生長素、細胞分裂素，從而對作物的生長髮育起到調節作用。
2、改良土壤
（1）菌肥可以增加土壤中的有機質含量，而有機質可以持續釋放養分滿足植物生長所需，為它們提供持久的肥效。
（2）有機質可改善土壤的物理性狀，增加土壤團粒結構，使土壤更加疏鬆，同時還能降低土壤板結的概率，使作物更好地生長。
3、減輕病害
使用菌肥后土壤中會形成優勢菌羣，這樣可減少病原的入侵和繁殖，從而達到減輕病害的效果。
