以下九個方面都可能是引起胚胎髮育，導致胚胎死亡或雛鳥體弱、發育受阻等，死亡率高。針對下述誘因，加以研究和改進，會提高孵化效果。
(一)近交係數高，影響孵化率
近交係數高，近交可以導致一系列的衰退現象，種蛋孵化率低，胚胎胎位不正，早期死亡高。雛鳥出殼能力弱，無力破殼，導致死在殼內。雛鳥體弱，多數為弱雛，生長緩慢，死亡率高。親代沒有血緣關係、品種間(如紅頸X黑頸)，品系間雜交生命力強，種蛋孵化率高。
(二)種鳥營養不良影響孵化率
種鳥營養缺乏，導致種蛋的營養不均衡，孵化過程中引起胚胎早期、中期死亡或雛鳥畸形。
1、維生素 E，維生素A缺乏使血液循環受阻、失調導致胚胎死亡。
2、維生素 B12缺乏引起甲狀腺腫大、出血、水腫、失明。
3、核黃素、生物素缺乏引起軟骨發育不正常，骨短小，捲曲趾，腿細。
4、維生素D3缺乏或磷、鈣不足、比例失調，引起骨骼畸形。
5、微量元素錳、鋅缺乏，引起骨骼發育不正常，軟骨、腿骨短、畸形。
(三)種鳥患大腸桿菌，沙門氏桿菌等傳染病影響孵化率
大腸桿菌、沙門氏桿菌可垂直傳播給種蛋。孵化時即使胚胎髮育完全，孵化後期因卵黃感染、腫大，而死亡在蛋殼中。出殼的雛鳥腹部腫大，臍帶閉合不全，有炎症，成活率低。
(四)蛋的重量與質量影響孵化率
1、種蛋的重量 作為種蛋其重量一般以1000—1500克為宜。蛋過大(1600克以上)，氣室相對小，胚胎後期發育不良，出殼困難或出殼後雛鳥體弱。蛋過小(900克以下)，雛鳥多為弱雛，成活率很低。
2、蛋的形狀 以卵圓形最好。長形蛋、尖蛋、特圓的蛋、軟蛋、畸形蛋，其蛋內結構不正常，影響胚胎髮育，孵化效果差。
蛋的形狀往往以蛋形指數來表示，蛋形指數=蛋的短徑÷蛋的長徑x100%，指數越小説明蛋趨向圓形，指數越大説明蛋趨向長形。
3、蛋殼質量 良好的蛋殼，表面呈淡米黃色並均勻分佈一層透明、光滑、明亮的釉質膜，氣室在蛋的鈍端(大頭)。蛋殼上氣孔明顯，許多氣孔集中在蛋的鈍端部位。蛋表面粗糙，缺少釉質膜無光澤的蛋、簿皮蛋、沙皮蛋等，在自然條件下容易被污染。在孵化時這種蛋很難起到蛋殼保護胚胎正常發育的功能，胚胎隨時都可以死亡。
4、被污染的蛋 蛋被糞、尿、雨水浸泡污染，有害菌通過蛋殼上的氣體進入蛋內，危害胚胎髮育，容易出現臭蛋。
(五)孵化前種蛋處理不當，影響胚胎髮育，導致胚胎前期死亡。
1、貯蛋室內的温度、濕度、衞生條件不達標影響胚胎髮育。貯蛋室內的温度要控制在18攝氏度左右，不能高於23攝氏度，因為23攝氏度是種蛋發育的臨界温度，高於23攝氏度，胚胎細胞開始分裂，胚胎髮育在緩慢進行，這樣的種蛋入孵後會導致弱胚或死胚。
貯蛋室相對濕度控制在60%—70%。不能高於80%，濕度高於80%以上，有利於細菌的滋生，種蛋易污染，影響蛋的質量。
貯蛋室要定期消毒，滅殺病源菌，保持清潔、衞生，防止種蛋污染。
2、種蛋的存貯時間影響胚胎髮育。實踐證明，貯存温度和入孵時間最理想的配伍為:貯蛋室攝氏18-20度時，種蛋貯存7天入孵;貯存温度攝氏16-18度;最多不超過15天入孵;貯存温度攝氏為12度，入孵時間不得超過30天的貯存期。在此期間要經常翻蛋。不遵守上述存貯原則，種蛋貯存時間過長，貯蛋室温度高，入孵後胚胎髮育很弱，出現胚胎早期死亡。
3、燻蒸消毒用藥量多、或燻蒸時間長，胚盤受到了嚴重刺激，會導致胚胎死亡。
(六)孵化期間温、濕度對孵化效果的影響
由於孵化温度不正確，影響蛋內各種酶的活性，而使各種組織器官發育失調，影響胚胎髮育，甚至導致胚胎早期或晚期死亡。出雛的雛鳥質量也差。
1、孵化温度偏高會出現：
(1)胚胎髮育快，出雛早，雛鳥弱，且生長停滯。
(2)胚胎破殼困難，常死在殼中。
(3)雛鳥常出現共濟失調等神經障礙。
2、孵化温度偏低會出現：
(1)胚胎髮育緩慢，推遲出殼時間。
(2)雛鳥卵黃囊未吸收或吸收不良。
(3)雛鳥臍帶封閉不全，有炎症。
(4)出殼時殘餘蛋清使雛鳥與蛋片粘連，會傷害雛鳥皮膚。
(5)雛鳥弱小，發育受阻，死亡率高。
3、 孵化濕度偏高，會出現：
(1)蛋內水分散發(失重)困難，嚴重時影響胚胎氣體交換、胚胎水腫，無力出殼，死於殼中。
(2)出殼的雛鳥多數是濕雛、體弱，往往伴隨腹部腫大、水腫，臍帶閉合不全，易感染髮炎，死亡率高。
4、孵化濕度偏低會出現：
(1)雛鳥弱，生長停滯。
(2)骨骼發育不正常。
(3)頸部彎曲。
(七)孵化期間翻蛋間隔時間過長或停止翻蛋，影響孵化率
孵化期間翻蛋間隔時間過長或完全停止翻蛋，引發胎位不正，易出現雛鳥曲頸、腳趾扭曲等畸形雛鳥或出現胚胎死亡。
(八)孵化機通風失控，影響孵化率
孵化機通風失控，機內二氧化碳和氧氣平衡失常，供氧不足，引起後期胚胎窒息死亡。
(九)停電會引起胚胎死亡
因停電原因導致孵化機停止運轉，機內温度降低。涼蛋時間超過3個小時，胚胎死亡。
鴕鳥種蛋的孵化率是一項綜合性指標，影響它的因素很多，但最主要是鴕鳥種蛋的質量和孵化期的管理。抓好以下幾點，孵化率就會大大提高。
（一）拾蛋種蛋產出後要及時拾起。不能讓太陽長時間曝曬，因高温會增加胚胎內温度，並會使胚胎致死。冬季時也不能讓種蛋受凍，收取種蛋不能用手拿，要用消毒好的毛巾包起來，馬上送到孵化室。
（二）消毒種蛋的消毒比較常用的方法有兩種：一是洗蛋，洗蛋前必須把種蛋表面的泥土或污垢輕輕刷掉，然後用比例為1∶600的百毒殺溶液淋洗或噴灑。洗淨之後即在空氣中自然乾燥，切記不能用濕布擦；二是燻蒸，燻蒸時一定要控制好用藥劑量和時間，一般每立方米用40％的福爾馬林15毫升和7．5克的高錳酸鉀，燻蒸時間一般不超過17分鐘。
（三）貯蛋種蛋消毒後馬上放入貯蛋室，種蛋的貯存一般不超過7天。種蛋貯存時應把蛋的氣室朝上。貯蛋室的温度應控制在13～16℃之間，最好不超過17℃，濕度控制在45％左右，不超過60％。貯蛋室空氣要流通，蛋在貯存時間不要隨意翻動。
（四）温度孵化温度是孵化能否成功的決定因素，如高温低濕孵化，會使蛋內膜乾燥，把胚胎包緊，腸胎髮育較弱，成活率低；同樣，低温孵化則會延長孵化時間和造成出雛前卵黃不吸收、水腫鳥等，出殼率也低，所以孵化温度不得低於36℃。具體情況要根據不同季節、不同孵化期和南北地區温度差異來掌握。
（五）濕度孵化的濕度也是影響孵化率的重要因素。孵化濕度過大，容易造成水腫鳥；孵化濕度過小，則會使胚胎失重過大，造成胚胎弱小而死亡。孵化的濕度一般以種蛋孵化的失水率來決定，一般種蛋孵化的最適濕度一般為22％，若濕度太多則要對孵化室內空氣進行除濕處理。
（六）換氣和翻蛋換氣和翻蛋也是影響種蛋孵化率的的因素之一。胚胎髮育要呼吸，從空氣中吸入氧氣，呼出二氧化碳，缺氧則會導致胚胎死亡和弱雛增加。目前使用的進口和國產孵化機均可保證空氣的交換，不致造成缺氧，但必須保證進入孵化機內的空氣是新鮮的。另外，為了保證種蛋受熱均勻和防止殼膜粘連，可以設定孵化機2小時翻轉1次（90度角），或每小時翻轉1次也可。
（七）孵化設備我國引進鴕鳥以來，一直使用進口的孵化設備，從孵化效果看，國產機器可以與進口機器媲美，但由於國產的孵化設備因無除濕系統，故必須對孵化室內的空氣進行除濕處理。
除以上幾點外，孵化室工作人員必須嚴格遵守環境衞生消毒制度。工作人員進入孵化室必須淋浴、更衣、換鞋和踩消毒水、非工作人員不得進入孵化室。只有這樣，才能更好、更有效地提高種蛋的孵化率。
