選黑木耳菌要注意以下幾點：
注意看外觀。看菌瓶標籤與黑木耳菌種是否相符，以防錯購。培養時間應在兩個月以內，從接種日算，菌齡應在30——40天為宜，同時看瓶壁有無破裂或棉塞脱落等現象。
注意看菌絲。菌絲潔白純度高，絨毛粗壯、短密齊的為優質菌種。如有綠、黃、紅、青、灰色菌絲，則為已感染雜菌的菌種，需淘汰。
注意看耳基。瓶壁與料之間如無淡黑色耳基的為優良菌種，有少量耳基為正常菌種，如果太多，則傳代次數過多，接種後雖出耳早且多，但長不大，產量較低。
注意沉澱物。如果瓶壁沒有或僅有淺褐色膠質物屬合格菌種；如果有黃褐色液體，屬老化菌種，不可購買。
注意看菌塊。木屑菌種表面均長有菌絲，已看不到木屑，挖出時以成塊而不鬆散為佳。如果菌塊已乾涸收縮則不可用。
注意聞氣味。拔去棉塞，聞到菌種清香味，則為合格品；若發出酒酸、黴臭等異味，則是變質菌種，不可用。
注意巧使用。如果菌種培養時間過短或温度過低，菌絲未長滿全瓶或菌絲未長入木屑內部的，應繼續在適温下培育，然後再用於接種。如果適齡菌種購回後一時不能接種，應存放於清潔、乾燥和光線較暗的室內。接種前，嚴禁拔掉棉塞，對已開瓶接種的菌種不宜過夜，以防雜菌污染。
