砂仁應貯於密閉容器內置陰涼乾燥處，忌日曬，防止散粒、走失香氣及走油。在保存得當的條件下，砂仁可以存放一年。由於砂仁具有揮發油，若是存放時間過長，揮發油會減少，藥效也就降低了。所以不建議使用存放時間過久的砂仁。
砂仁儲藏養護
砂仁用雙層麻袋包裝，每件35公斤左右。貯於陰涼乾燥處，商品安全水分10-12%。本品易蟲蛀，受潮生黴，久存泛油。染黴品表面可見菌絲;泛油後，色澤加深，表面呈油樣物，種子團粘手，易散碎，泛油與生黴相拌發生，並互相影響。危害的倉蟲有小圓皮蠹、大谷盜、煙草甲等，多蛀蝕種子團的縱薄膜隔及果皮，使其散碎。儲藏期間，多用密封抽氧充氮(或二氧化碳)養護。小件可在包裝內置生石灰、無水氯化鈣等吸潮。輕度吸潮或生黴、蟲蛀品，可攤晾，忌曝曬。
