番木瓜多采用秋播春植的方法，也就是秋天育苗，第二年春天種植。採用這種方法的主要原因是避開番木瓜花葉病危害的高峯期，保證果園有一定的收成。
在我國南方地區，番木瓜花葉病的發病率很高，這種病對番木瓜的危害很大，植株感染了這種病後，葉片會發黃，植株矮小，生長受到抑制，輕者使果實變小、畸形、產量低，重者整株死亡。木瓜花葉病是一種病毒病，這種病毒在20～25℃的活動能力最強，也就是對番木瓜的危害最大，如果温度超過26℃，則該病會受到抑制。因此，採用秋播春植的方法，在秋冬育苗，第二年春種植，番木瓜的生長結果期大部分處於高温季節，花葉病危害較輕，到秋冬即可獲得一定的產量，即使發病，此時已拿到產量，不造成大的損失，收穫後可把植株砍掉，第二年重新種植。
秋播春植的第一步是播種，一般在10月中下旬至11月中旬播種，如播種時温度較低，可以讓種子在32～35℃條件下保温，發芽後再播到營養袋中。播種後幼苗要注意保温，一般要蓋塑料薄膜保温。到第二年3月上旬就可以種植，最遲不超過4月上旬。在天氣回暖以後，越早種植越早收穫，這樣可以避開花葉病發病的高峯期。種植成活後，在高温高濕的條件下，加強肥水管理，當長出24～28片葉後，就開始出現花蕾，9～10月即可以收果。具體番木瓜秋播育苗的管理方法如下：
1.苗地選擇：應選擇地勢較高、排灌方便、背北向南、陽光充足、半沙壤土的地方作育苗地。由於木瓜花葉病毒可通過昆蟲和接觸傳染，因此苗地應選擇遠離舊木瓜園的地方。
2.營養杯育苗：採用營養杯育苗是防止木瓜苗折斷、保證移栽後成活的有效措施。營養土最好為曬乾經打成小塊的塘泥和河泥，混入少許腐熟垃圾或幹畜糞(肥泥比例是2：8)製成。播種前，先將營養土備好入袋。入袋時，土要稍加壓實，以防定植泥頭鬆散，影響成活。
3.適期播種：秋播適期為10月上中旬。選擇高產優質、無病蟲害、瓜形勻稱、八成熟的番木瓜，剖取新鮮種子，搓洗去種子假膜後直接播種。每個營養杯播種2～3粒，播後即覆蓋火燒土約1釐米，然後撒些碎稻草並充分淋水，7～15天后，種子便能萌發出土。
4.苗期管理：
(1)防寒保苗：秋播越冬的時間長，而幼苗在氣温5℃以下容易受凍害，因而要保苗防寒。苗牀要用薄膜覆蓋防寒，但要注意控制膜內温度最高不能超過35℃，最低不能低於5℃。陰雨天、陰冷天不宜揭膜。在有陽光、温度高的中午，薄膜柵不能密封，也不可以全部揭開，以防温度過高灼燒死苗。
(2)水肥管理：木瓜苗組織幼嫩，根羣吸收能力較弱，對水肥過多或過少都十分敏感。若遇到乾旱天氣，要早晚淋水。當幼苗長出2～3片真葉後，應逐漸減少淋水量，防止過濕引起爛根。4～5片真葉後，以淋腐熟糞水為主，濃度要由淡到濃。也可根外噴施植物動力2003或用0.3%～0.4%磷酸二氫鉀噴施，保持葉色青綠。值得注意的是：儘量不施化肥。
5.防治病蟲：木瓜苗抗病力弱，常見病害有折腰病、炭疽病等，可噴施1000倍液甲基託布津或1000倍液百菌清防治。蟲害主要有紅蜘蛛，可5%高效魚藤酮3500～4000倍液防治，發現花葉病要立即拔除病株。
