由於在金針菇出菇期不宜直接向子實體和料內噴水，一般採收2潮菇後培養料就嚴重缺水，很難再次出菇。
改變常規的管理辦法，在金針菇出菇期適時加強肥水管理，可以出菇3～5潮，而且出菇整齊，菌柄粗壯，菌蓋小而有光澤，無須搔菌。
金針菇菌絲體生理成熟後，將菌袋從發菌室移到棚內菇牀上開袋催蕾出菇。移袋前，在菇牀上鋪薄膜，膜四周抬高2釐米，向膜內加入0.5釐米深的水。移袋後，在菌袋上面及四周覆蓋黑色薄膜遮光，同時調節濕度，使膜內濕度穩定在90%，促使出菇整齊。第一潮菇採收後，向料內補充水分，並噴施營養液200克，促進第二潮菇出菇。第二潮菇採收後，培養料明顯收縮，料與袋間出現空隙，後期易從袋底及四周出菇，金針菇質量會受到影響。可以向袋內補一次大水，每袋補水300克，促使培養料吸水膨脹，多餘水分可淹沒袋底，使袋底缺氧不能出菇，只能在料面出菇。如此處理後可再出3潮菇。
此外，金針菇出菇期還應加強通風，保證棚內氧氣充足，濕度適宜。
