首先通風排濕，降低棚內濕度，其次噴藥防治。
藥劑防治。適時適量使用高效低毒、低殘留農藥，抓住關鍵時期防治，儘量減少農藥使用量及次數。在苗期用65%福美鋅500倍液，或1：1：150倍波爾多液噴霧；結果期用75%百菌清可濕性粉劑600倍液，或甲基託布津600倍、代森錳鋅500倍兩劑合用，或1：1：100倍波爾多液，連續防治2-3次。在定植前，用50%多菌靈可濕性粉2千克處理土壤，移栽時用木黴菌150倍液蘸根後移栽，成活後用30%dt懸浮劑350倍液灌根；發病初期，用50%多茵靈或託布津500倍液灌根。
防治大棚蔬菜椒類灰黴病，應注意清理及時掉有病的枝葉、花和果等，再用咯菌腈、凱澤、速克靈、異菌脲等殺菌劑全面處理土壤、花器、幼果以及整個大棚，就可以大大減少灰黴病菌的數量。
