（1）加強栽培管理。實行輪作，栽種前進行土壤消毒，同時用65%代森鋅可濕性粉劑300～400倍液將種苗浸泡10～12分鐘然後再栽種。栽植時不宜過密，生長期間不要偏施氮肥。盆栽宜每年換一次新的培養土。（2）藥劑防治。發病初期及時摘除病葉、枝、芽和帶病的花蕾，然後噴灑50%代森銨800～1000倍液。噴藥重點除患部外，還有土壤表面。每隔15天左右噴一次，連續噴2～3次，即能取得良好防治效果。
番茄灰黴病可以用異菌脲防治。
現在有一種新藥叫健達，非常好使。
主要搞好棚室內的通風、透光、降濕，但同時還要保持適宜的温度。加強肥水管理，使植株長勢壯旺，防止早衰及各種因素引起的傷口，澆水在晴天早晨進行，忌陰雨天澆水，可有效降低室內濕度。發現病葉、病果及時摘除，未脱落乾淨的花瓣進行人工清理外還要選用灰黴病特效藥嘧黴胺40%懸浮劑進行防治，在發病前或發病初期用本品800~1200倍液均勻噴霧，每隔7~10天一次，一個生長季節多施藥4次。
要每7-10天葉面噴灑一次1000倍45%異菌脲懸浮劑水溶液，或1000倍50%啶酰菌胺水分散粒劑水溶液、800倍50%乙烯菌核利可濕性粉劑水溶液、1000倍50%腐黴利可濕性粉劑水溶液、1000倍50%克黴靈可濕性粉劑水溶液、1000倍50%黴特靈可濕性粉劑水溶液等進行防治，連續噴灑2-3次，均勻噴濕所有的葉片、花蕾、花朵和果實，以開始有水珠往下滴為宜。
生物防治。預防為主，綜合治理進入秋天后，白天降低棚內濕度，保持通風，摘除病殘體，清理出田間。預防為主，綜合治理進入秋天后，白天降低棚內濕度，保持通風，摘除病殘體，清理出田間。
