植株地上部分均可受害，以果實和葉片為主。幼苗染病，子葉先端發黃，葉片呈水潰狀腐敗；幼莖受害初為水漬狀溢縮，繼變成褐色病斑，常折斷。果實發病多從殘留的敗花和柱頭部先被侵染，造成花腐，後向果面和果柄擴展，一般近果蒂、果柄或果臍處先顯症。
果實發病多從殘留的敗花和柱頭部先被侵染，造成花腐，後向果面和果柄擴展，一般近果蒂、果柄或果臍處先顯症。幼果則全果軟腐，果實成熟前病部果皮呈灰白色，水漬狀軟腐，很快發展成不規則形大斑，果實失水後僵化或濕潤軟腐。
果實的蒂頂或臍部或果柄被害，果皮開始呈灰白色浸狀軟腐，後期表現生灰褐色黴層;青果不論大小都可被害，被害果不脱落，以第一穗果被害最重。
症狀：幼果染病較重，柱頭和花瓣多先被侵染，後向果實轉移。果實多從果柄處向果面擴展。致病果皮呈灰白色、軟腐，病部長出大量灰綠色黴層，嚴重時果實脱落，失水後僵化。葉片染病，多從葉尖開始，病斑呈V字形向內擴展，初呈水漬狀，淺褐色，有不明顯的深淺相間輪紋，潮濕時，病斑表面可產生灰黴，葉片枯死。莖染病，產生水漬狀小點，後迅速擴展成長橢圓形，潮濕時，表面生灰褐色黴層，嚴重時可引起病部以上植株枯死。
果實發病多從殘留的敗花和柱頭部先被侵染，造成花腐，後向果面和果柄擴展，一般近果蒂、果柄或果臍處先顯症。幼果則全果軟腐，果實成熟前病部果皮呈灰白色，水漬狀軟腐，很快發展成不規則形大斑，果實失水後僵化或濕潤軟腐。病果一般不脱落，發病後相互接觸感染、擴大蔓延，嚴重時，導致整穗果實全部腐爛。
西紅柿灰黴病對莖、葉、花、果均可危害，但主要危害果實，通常以青果發病較重。莖染病時開始呈水浸狀小點，後擴展為長圓形或不規則形，淺褐色，濕度大時病斑表面生有灰色黴層，嚴重時致病部以上莖葉枯死導致枯萎病。
果實被侵害時，多數先侵染殘留的花或柱頭、萼片，然後向果實或果柄發展，導致果皮變成灰白色，軟腐，病部表面長出灰色黴層，果實間互相傳染。
