牡丹的病害主要有：
一、紅斑病：葉片上產生紫褐色近圓形小斑點，後逐漸擴展成不規則的大斑，並多具輪狀環紋，後長出黴狀物。
二、灰黴病：此病在葉、莖、花上均有發生。葉面產生褐色圓斑，並有不規則狀環紋，天氣潮濕時病斑上長出灰色黴狀物。花上形成褐色花紋，花蕾受害後不能開放或腐爛變褐。
三、褐斑病：初期葉面出現紫褐色小斑點，後擴大形成淡褐色乃至黑褐色輪紋。
四、鏽病：牡丹開花時葉面產生淡黃褐色小斑點，不久斑點內呈現橙黃色小膿皰，破裂後散出橙黃色的粉末，牡丹生長後期葉背叢生纖細的毛狀物。
五、炭疽病：葉面出現圓形或不規則黃褐色凹陷病斑，邊緣黑褐色，中間有黑色小點。
六、白絹病：此病發生在牡丹根頸部。初期根頸部表面形成白色菌絲，並出現水漬狀褐色病斑。後期病斑上長出褐色菌核，這時植株地上部逐漸衰弱死亡。
上述病害的防治方法是：栽植前用500倍70%的託布津溶液浸根10分鐘。發病後用400倍50%的代森銨溶液澆灌根部，或用50%多菌靈800倍液噴霧。發生鏽病須噴300倍敵鏽鈉。牡丹的蟲害不多，主要有介殼蟲、蠐螬、卷葉蛾等。蠐螬咬食牡丹根頸部，發生較為普遍而嚴重。當發生蠐螬等地下害蟲為害時，可用5%的辛硫磷顆粒劑(每畝用藥2公斤)均勻撒施於土表，然後翻入土中(約20釐米)，防治效果良好。
