芽孢桿菌具備肥水的作用。芽孢桿菌製劑中的活菌可產生多種分解酶，且芽孢桿菌製劑中含有蛋白酶、纖維素酶、澱粉酶、多糖酶等多種分解酶，可將大分子物質分解為小分子物質，並釋放無機鹽，供藻類同化吸收利用，為藻類生長繁殖提供所需營養，從而促使藻類迅速生長繁殖，實現肥水。
一、芽孢桿菌是肥水還是瘦水
1、芽孢桿菌具有肥水的作用。
2、芽孢桿菌製劑中的活菌可以在水中產生多種分解酶，並且芽孢桿菌製劑中本身還含有多種酶類（比如蛋白酶、纖維素酶、澱粉酶、多糖酶等），這些分解酶可以將有機肥中的大分子物質分解成小分子物質，同時釋放出無機鹽，供水體中的藻類同化吸收利用，為藻類生長繁殖提供營養，從而促使藻類快速生長，達到肥水的目的。
3、根據實踐表明，在水體中使用芽孢桿菌製劑可以將肥水的時間提前3天左右，並且在一定範圍內隨着水温的升高，芽孢桿菌的活性會得到增強，肥水提前速度還會有所加快。
二、芽孢桿菌在多少温度可以用
芽孢桿菌使用注意事項如下：
1、芽孢桿菌以水温在25℃以上時使用較為合適，當水温低於20℃時，不宜使用。因為芽孢桿菌在温度較低環境中的生長速度緩慢，無法快速形成優勢菌種，使用效果不理想。
2、芽孢桿菌為好氧型菌，在水體中會消耗大量的氧氣，因此以晴天上午9-11點左右使用為宜，並且在使用前需要打開增氧設備進行增氧，時間持續30分鐘以上，而在陰雨天氣以及水體缺氧時不宜使用。如果水體較瘦，應當配合施肥使用。
3、芽孢桿菌在使用時需要按照菌種：紅糖：水=1：3：50的比例浸泡兩個小時以上，浸泡過程中以小氣泵曝氣為宜。
4、芽孢桿菌不宜與化學物質以及抗生素同時使用。
