自留種難以確保下一代高產，因此會有限制農民自留種子的規定。育種公司在培育種子時，往往會採用雜交手段，這樣的種子都是雜合子，而不是純合子，雖然能保證第一年產量高、扛倒伏能力強、抗病性好等性狀，但若自留，它們結出的果實有可能會發生性狀分離，而性狀分離則意味着減產、扛倒伏能力變差、抗病性減弱等。
一、為什麼限制農民自留種子
1、之所以限制農民自留種子，是因為自留種難以確保下一代高產。現如今很多種子都是雜合子，而不是純合子，這樣的種子雖然能保證第一年獲得種子公司承諾的“高產、抗病性、扛倒伏”等性狀，但若自留，就會發現來年種子長勢不佳，難以發芽，產量比之前低很多。
2、對於農民而言，與其自留種，不如花錢購買種子公司的種子。種子公司的育種手段更加科學、高效，可讓農民實現豐收的目的，因此農民無需自留種，而且市面上育種公司提供的種子售價並不高，許多農民都能接受。
二、自留種子為什麼會減產
1、自留種子之所以會出現減產的局面，是因為育種公司在培育種子時，往往會採用雜交手段，而雜交會使種子的基因“不純”。育種公司可以通過各種育種手段，培育出能夠高產、豐收的種子，但這些種子若自留，它們結出的果實有可能會發生性狀分離，而性狀分離則意味着減產、扛倒伏能力變差、抗病性減弱等。
2、育種公司會利用生物的遺傳規律，從中選擇出產量高、扛倒伏能力強、抗病性好等優勢的個體，然後將其通過雜交、自交、回交等各種育種手段將這些優勢整合到同一個品種上。這樣的雜交種若自留再種植，就會導致它隱藏的缺點被表現出來，從而導致減產。
