1、莖受害：發病初期，在莖上有褐色的水漬狀斑，隨後病菌便會繞莖發展並變成黃色，破壞莖髓部並造成腐爛中空，剝開後可看見白色菌絲體和黑色的菌核。2、葉柄與花梗受害：在葉柄處，有灰白色且稍微有些凹陷的病斑，呈水浸狀，而花梗受害後則會蔓延至果實，導致病部褪色變白並帶有濕腐。3、果實與果柄受害：受害的果柄也會將疾病傳染給果實，使其呈水浸狀腐爛，白色棉絮狀的菌絲與黑色粒狀的菌核還會出現在果實的表面上。
一、辣椒菌核病的症狀
1、莖受害
（1）在發病初期，會出現褐色的水漬狀斑，隨着病情的發展，病斑會圍繞着莖，使其變黃，在濕度高時，病部會出現一層白色棉絮狀的菌絲體，造成軟腐且無氣味，若濕度低，病斑則呈灰白色，稍微有些凹陷，莖容易折斷。
（2）受害莖的髓部會受到破壞，並出現腐爛中空的情況，將其剝開後，能夠看見白色菌絲體與黑色的菌核。
2、葉柄與花梗受害
（1）當葉柄受害後，會出現水浸狀的病斑，顏色為灰白色且稍微有些凹陷，而在發病後期，表皮會出現縱裂的情況。
（2）當花梗受害後，會逐漸的蔓延至果實，病部出現褪色變白的情況，且稍帶一些濕腐，而花瓣則會失去光澤，顏色為蒼白色且容易脱落。
3、果實與果柄受害
當果柄發病後，會逐漸往果實上蔓延，導致果實出現水浸狀腐爛，而且在果實的表面會出現白色棉絮狀的菌絲，並形成黑色粒狀的菌核。
二、辣椒菌核病是什麼原因引起的
1、發生的原因
（1）如果將辣椒種植在排水不良或者連作地中，那麼便容易發生菌核病，而在温度偏高且多雨的年份，該病一般發生的比較重。
（2）在栽培時，若種植過密，造成田間通風透光性差時，也容易發生該病，而當辣椒受到了霜害、凍害以及肥害時，發病一般也比較重。
2、如何防治
（1）需要選擇抗菌核病的辣椒品種，比如沈椒3號，並採用地膜覆蓋的種植方式，避免子囊孢子侵染辣椒，以此來降低發病率。
（2）在種植前，可以用按照種子重量的0.4-0.5%，用50%多菌靈可濕性粉劑，或者50%撲海因可濕性粉劑拌種播種，而在發病後，可以噴50%農利靈可濕性粉劑1000倍液進行防治。
