鳳尾蕨和黑木蕨科屬、習性、形態、用途皆有不同。鳳尾蕨為蕨綱、薄囊蕨亞綱、真蕨目、鳳尾蕨科、鳳尾蕨屬植物；黑木蕨為薄囊蕨綱、水龍骨目、實蕨科、實蕨屬植物。鳳尾蕨生長適宜温度為10℃-26℃，忌澇，較耐寒，一般生長於石灰巖地區的巖隙間或林下灌叢中；黑木蕨喜好偏酸性軟水的水質環境。
一、科屬區別
1、鳳尾蕨
鳳尾蕨為植物界、蕨類植物門、蕨綱、薄囊蕨亞綱、真蕨目、鳳尾蕨科、鳳尾蕨屬植物。
2、黑木蕨
黑木蕨為植物界、蕨類植物門、真蕨亞門、薄囊蕨綱、水龍骨目、實蕨科、實蕨屬植物。
二、習性區別
1、鳳尾蕨
鳳尾蕨喜温暖、濕潤、陰暗環境，忌澇，要求廕庇、空氣濕潤、土壤透水良好，較耐寒。生長於石灰巖地區的巖隙間或林下灌叢中，生長適温為10℃-26℃，越冬温度可低至0℃-5℃。
2、黑木蕨
黑木蕨喜好偏酸性軟水的水質環境，在人工養殖環境中一般完全沉水養殖用於水族造景，也可以在高温高濕的環境中陸生栽培，是一種帶着美麗的透明綠色葉片的蕨類水草，水中葉長一般為20-30釐米。
三、形態區別
1、鳳尾蕨
植株高度50-70釐米，根狀莖短而直立或斜升，粗約1釐米，先端被黑褐色鱗片。葉邊僅有矮小鋸齒，頂生三叉羽片的基部常下延於葉軸，其下一對也多少下延。葉邊僅有矮小鋸齒，頂生三叉羽片的基部常下延於葉軸，其下一對也多少下延。葉幹後紙質，綠色或灰綠色，無毛。葉軸禾稈色，表面平滑。
2、黑木蕨
黑木蕨莖較細，葉齒較少、較圓潤，葉面不平整，透明度較高，較薄，根3毫米左右。具有互生性的葉部，葉片全裂呈羽毛狀，色澤呈暗綠色。不論水上葉或水中葉只要有足夠的光線，葉片就會直立生長。黑木蕨適宜種植在沉木、巖石上，可以生長出羣生狀的根莖或側根。
四、用途區別
1、鳳尾蕨
鳳尾蕨稱為“蕨菜”，嫩葉可食用，盆栽可點綴書桌、茶几、窗台和陽台，用於客廳、書房、卧室做懸掛式或鑲掛式佈置亦可。全草都可以供藥用，具清熱利濕、涼血解毒、止瀉、強筋活絡等功效。
2、黑木蕨
黑木蕨根莖長着互生的羽狀葉，綠色，普通為全裂或深裂葉，根莖並長出黑褐色的根。水中化之後，植物體會小型化，新長出的水中葉變成半透明的黃綠色，草姿優雅，受到部分養殖者的喜愛。
