對於辣椒瘡痂病、軟腐病、細菌性葉斑病、青枯病等細菌性病害，可選擇50%DT500倍液、農用鏈黴素4000倍液、新植黴素4000倍液、50%豐護安500倍液、34%綠乳銅500倍液、27%銅高尚400倍液、77%可殺得500倍液等藥物進行防治，而對於辣椒真菌性病害，由於其種類較多，一般需要根據具體病害選擇合適藥劑進行防治。
一、辣椒細菌性病害
1、常見辣椒細菌性病害主要包括有辣椒瘡痂病、辣椒軟腐病、辣椒細菌性葉斑病、辣椒青枯病。
2、針對辣椒瘡痂病、辣椒軟腐病、辣椒細菌性葉斑病，可以選擇50%DT500倍液、農用鏈黴素4000倍液、新植黴素4000倍液、50%豐護安500倍液、34%綠乳銅500倍液、27%銅高尚400倍液、77%可殺得500倍液等進行防治，每隔5-7天噴灑一次，連續噴灑2-3次。針對辣椒青枯病，可選擇上述藥物進行灌根，每株藥液用量為500g左右，每隔10-15天左右灌根一次，連續灌根2次。
二、辣椒真菌性病害
1、辣椒綿腐病：發病前或發病初期時，葉面噴灑62.8％黴多克（丙森鋅＋纈黴素）可濕性粉劑1500倍液或58％抑快淨1500倍液，每隔7天噴灑一次，連續噴灑2-3次。
2、辣椒黑斑病：發病初期時，葉面噴灑50％異菌脲可濕性粉劑1500倍液或10％多氧黴素可濕性粉劑1500倍液、1.5％多抗黴素可濕性粉劑500倍液、70％甲基硫菌靈可濕性粉劑1000倍液進行防治，每隔7-10天噴灑一次，連續噴灑2-3次。
3、辣椒炭疽病：發病始期、始盛期和盛發期時，分別用藥一次，可供選擇的藥物有10％苯醚甲環唑可濕性粉劑3000倍液、43％戊唑醇乳油3000倍液、40％氟硅唑乳油8000倍液、5％己唑醇可濕性粉劑1000倍液、70％甲基硫菌靈可濕性粉劑1000倍液等。
4、辣椒褐斑病：發病初期時，葉面噴灑75%百菌清可濕性粉劑500倍液或80%代森錳鋅可濕性粉劑500倍液、64%殺毒礬可濕性粉劑600倍液、50%多硫懸浮劑600倍液、68.75%杜邦易保水分散性粒劑800倍液、40%三唑酮·多菌靈可濕性粉劑800-1000倍液、50%腐黴利可濕性粉劑800倍液、40%杜邦福星乳油5000倍液，每隔7-12天噴灑一次，連續用藥2-3次。
5、辣椒白星病：發病初期時，葉面噴灑70％代森錳鋅可濕性粉劑500倍液或70％丙森鋅（安泰生）可濕性粉劑800倍液、70％代森聯可濕性粉劑800倍液、10％苯醚甲環唑可濕性粉劑3000倍液、43％戊唑醇乳油3000倍液、40％氟硅唑乳油8000倍液、5％己唑醇可濕性粉劑1000倍液，每隔7-10天用藥一次，連續用藥2-3次。
6、辣椒早疫病：發病初期時，葉面噴灑50％異菌脲可濕性粉劑1000倍液或10％多氧黴素（寶麗安）可濕性粉劑1500倍液、1.5％多抗黴素可濕性粉劑500倍液、58％甲霜靈錳鋅可濕性粉劑500倍液，每隔7-10天用藥一次，連續用藥2-3次。
7、辣椒霜黴病：發病初期時，葉面噴灑62.8％黴多克（丙森鋅＋纈黴素）可濕性粉劑1500倍液或58％抑快淨1500倍液、68.75％銀法利（氟吡菌胺+霜黴威）可濕性粉劑1500倍液、25％雙炔酰菌胺懸浮劑2500倍液，每隔7-10天用藥一次，連續用藥3-4次。
8、辣椒白粉病：發病初期時，葉面噴灑10％苯醚甲環唑可濕性粉劑3000倍液或43％戊唑醇乳油3000倍液、40％氟硅唑乳油8000倍液，每隔7-10天噴灑一次，連續噴灑2-3次，重點噴灑葉片背面。
9、辣椒菌核病：發病初期時，葉面噴灑50％腐黴利（速克靈）可濕性粉劑800倍液或50％異菌脲（撲海因）可濕性粉劑1200-1500倍液、40％菌核淨可濕性粉劑1200-1500倍液，30％嘧黴胺可濕性粉劑1200倍液、2.5％咯菌酯（適樂時）可濕性粉劑1500倍液，每隔7-10天用藥一次，連續用藥2-3次。
10、辣椒灰黴病：發病初期時，葉面噴灑40%嘧黴胺懸浮劑1200倍液或70%代森聯水分散粒劑600-800倍液、77%氫氧化銅可濕性粉劑800-1000倍液、33.5%喹啉銅懸浮劑800-1000倍液、68.75%惡唑菌酮·錳鋅水分散粒劑1000-1500倍液、64%氫銅·福美鋅可濕性粉劑600-800倍液、50%嘧菌環胺水分散粒劑800-1000倍液、25%嘧菌酯懸浮劑1500倍液、40%嘧黴·百菌清可濕性粉劑800-1200倍液、50%腐黴·百菌清可濕性粉劑600-800倍液、50%多黴清可濕性粉劑800倍液、50%多福疫可濕性粉劑1000倍液等，每隔7-10天噴灑一次，連續用藥2-3次。
11、辣椒白絹病：發病初期時，使用25%三唑酮可濕性粉劑2000倍液或20%甲基立枯磷 （利克菌）乳油1000倍液、50%代森銨可濕性粉劑800倍液、70%代森錳鋅可濕性粉劑600倍液進行灌根，每穴藥液用量為250ml，每隔10-15天灌根一次，連續用藥2-3次。或者是使用20%粉鏽寧乳油600倍液或45%代森鋅500倍液進行灌根，每株用藥量為50-100ml，間隔5-7天后再灌根一次。
12、辣椒根腐病：發現中心病株後及時拔除，並及時使用50%瑞毒銅1000倍液或綠乳銅800-1000倍液、50%甲霜銅500倍液、64%瑞毒鋁銅250倍液進行防治，每隔7-10天噴灑一次，連續用藥2-3次。或者是每畝地使用250-300g的45%百菌清煙霧劑或1kg的5%百菌清粉塵劑進行處理，每隔7天用藥一次，連續用藥2-3次。
13、辣椒疫病：發病初期時，葉面噴灑62.8％黴多克可濕性粉劑1500倍液或58％抑快淨1500倍液、68.75％銀法利（氟吡菌胺+霜黴威）可濕性粉劑1500倍液、25％雙炔酰菌胺懸浮劑2500倍液、77.2％霜黴威水劑1500倍液，每隔7-10天噴灑一次，連續用藥3-4次。
14、辣椒猝倒病：播種前，使用25％甲霜靈可濕性粉劑+70％代森錳鋅可濕性粉1500-2000倍液浸種15-30分鐘。發病初期時，葉面噴灑62.8％黴多克（丙森鋅＋纈黴素）可濕性粉劑1500倍液或58％抑快淨1500倍液，每隔7-10天噴灑一次，連續用藥2-3次。
15、辣椒立枯病：當少數病苗出現時，及時拔除，並立即噴灑70％甲基硫菌靈可濕性粉劑1000倍液或10％苯醚甲環唑可濕性粉劑3000倍液、90％惡黴靈（土菌消）水劑3000倍液進行防治，每隔7天噴灑一次，連續用藥3-4次。
